Docker 导致“以非零退出代码退出的命令之一；请注意，snakemake 使用 bash 严格模式！”与蛇人答案

【问题标题】：Docker causes "one of the commands exited with non-zero exit code; note that snakemake uses bash strict mode!" with SnakemakeDocker 导致“以非零退出代码退出的命令之一；请注意，snakemake 使用 bash 严格模式！”与蛇人
【发布时间】：2021-02-19 22:21:26
【问题描述】：

我正在尝试从snakemake 运行一个docker 容器。作业运行并产生正确的输出，但是当它们完成时，我得到了

(one of the commands exited with non-zero exit code; note that snakemake uses bash strict mode!)

snakemake 会尝试删除文件。

我尝试调试的内容：

在规则中的shell命令中添加|| true、set +u或exit 0
运行--printshellcmds 中显示的命令（它们运行良好）
在“严格”模式下将 docker 命令放入 bash 脚本中以查看如果有任何问题（没有）
打印实际出口规则的shell: 命令中的代码并打印 0
运行直接在容器中调用的 R 脚本从snakemake（它工作正常）
将--user $(id -u):$(id -g) 添加到此处建议的 docker run 命令：Snakemake claims rule exits with non-zero exit code, even with "|| true"?。这失败，因为容器中的 R 脚本无处可写中间文件，因为我当前的用户在容器中不正确存在

这是蛇文件规则：

rule run_biospyder:
    input: 
        counts = "{dir}/{name}_counts.csv",
        metadata = "{dir}/{name}_metadata.csv",
    output: directory("{dir}/{name}_output")
    params: 
        dockervol = "/usr/src/data"
    shell:
        """
        docker run \
        -v $PWD:{params.dockervol} biospyderpipeline \
        --config-file {params.dockervol}/config.yml \
        --counts {params.dockervol}/{input.counts} \
        --samples {params.dockervol}/{input.metadata} \
        --output {params.dockervol}/{output} \
        --name {wildcards.name}
        """

【问题讨论】：

标签： docker snakemake

【解决方案1】：

问题是映射卷时的 docker 权限问题。问题似乎是由于内部容器以 root 身份运行（我只是在开发），并且 snakemake 尝试将 .snakemake_timestamp 作为我当前的用户写出到映射卷的输出目录（由 root 拥有）。

我设法解决了这个问题：https://denibertovic.com/posts/handling-permissions-with-docker-volumes/

入口点的 shell 脚本创建一个具有相同 id 的用户，并以该用户的身份运行任何命令。这意味着映射的卷内容归用户所有，并且 Snakemake 可以在运行结束时对其进行写入。这也不会修复 docker build 中的用户 ID，因此任何人都可以使用它。

【讨论】：