在 Windows / Linux 中为 Mac 创建包

Question

我正在努力自己制作一个 r 包。我按照how to develop package for layman 的stackoverflow 中上一个问题中的说明进行操作。这是我在上一个问题之后使用的步骤。

1. 在新的 R 会话中运行 R 代码

   # random DNA function
   randDNA = function(n){
   paste(sample(c("A", "C", "T", "G"), n, replace = TRUE), collapse = "")
   }
   # DNA to RNA function
   dna2rna <- function(inputStr) {
     if (!is.character(inputStr))
       stop("need character input")
     is = toupper(inputStr)
     chartr("T", "U", is)
   }
   
   # complementary sequence function
   compSeq <-  function(inputStr){
    chartr("ACTG", "TGAC", inputStr)
    }
   
   # example data
   dnaseq1 <- c("ATTGTATCTGGGTATTTCCCTTAATTGGGGCCTTT")
   dnaseq2 <- c("TGGGGTAAACCCGGTTTAAAATATATATATTTTT")
   myseqdata <- data.frame(dnaseq1, dnaseq2)
   save(myseqdata, file = "myseqdata.RData")
   

2. 安装Rtools安装R包utils

3. Pefrom R 中的以下任务

   require(utils)
   package.skeleton(list = c("randDNA","dna2rna", "compSeq", "myseqdata"), 
   name = "dnatool",environment = .GlobalEnv, path = "c:", force = FALSE)
   

4. 在 Windows 7 中编辑系统环境变量路径以跟踪

   C:\Rtools\bin;C:\Rtools\perl\bin;C:\Rtools\MinGW\bin; 
   C:\Program Files\R\R-2.14.2\bin\x64; 
   

   (在命令行输入>path检查路径是否设置正确。

5. 复制步骤（3）中的文件夹 dnatool 并放入名为 rpackage 的新文件夹，现在将目录更改为该文件夹（在 DOS 中）

   c: \ repackage>  R CMD build dnatool 
   c: \ repackage>  Rcmd build dnatool 
   

   编辑：我有时会得到 dnatool.zip，但有时会得到 dnatool.tar.gx

6. 在命令行（DOS）中检查包

   c: \ repackage> R CMD check dnatool
   

我能够在 Windows 中将其打包为“dnatool.zip”。

如何编译 MAC 或 unix 源代码？有哪些不同的步骤？

Unix source:     dnatool.tar.gz
Mac OS X binary: dnatool.tgz

我需要 Mac 电脑吗？我确实有linux virtualbox并在其中安装了ubuntu？

编辑：

我应该使用以下逗号从步骤 (3) 文件夹 dnatool 中获取源代码二进制文件吗？

$ tar -zcvf dnatool.tar.gz/home/dnatool

Answer 1

使用R CMD build 创建的软件包可以安装在其他操作系统类型上。即使您的包包含 R（c 或 c++）以外的源代码，情况也是如此。仅当您创建二进制分发版时（我认为通过将 --binary 添加到 r cmd 构建调用），该包才成为特定于平台的。构建包所需的工具通常已经安装在 linux 或 mac 下。因此，如果您创建一个源代码发行版，它应该可以在所有主要发行版下工作。要创建 mac 二进制文件，您需要一个 mac，或者创建一个交叉编译器环境。第二个选项可能是一个相当大的挑战，我说你可以给谷歌。请注意，如果您将包上传到 CRAN，则所有包的构建都已为您完成。