如何编写用于执行 .sh 文件的包装 R 文件

Question

我的目标是使用这个 shell 调用一个 python 模型。有没有办法制作一个包装 R 文件来执行这个 sh 文件？

Answer 1

运行操作系统命令的推荐方法是函数system2。

system2("sh", args = "model.sh")

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如果文件model.sh在主目录下，其内容如下：

# file: model.sh
pwd
cd $1
pwd
cd $2
pwd
cd ~

命令"sh" 后跟所有 参数、脚本名称及其参数，将更改目录两次，然后更改回主目录"~"。

system2(command = "sh", args = c("model.sh", "tmp", "tmp"))
#/home/rui
#/home/rui/tmp
#/home/rui/tmp/tmp

getwd()
#[1] "/home/rui"

如果要使脚本成为可执行文件，可以从 R 命令行完成

system2(command = "chmod", args = c("+x", "model.sh"))

那么system2 的第一个参数是命令（脚本文件），脚本的参数在args 中传递。

system2(command = "./model.sh", args = c("tmp", "tmp"))
#/home/rui
#/home/rui/tmp
#/home/rui/tmp/tmp

getwd()
#[1] "/home/rui"

返回之前的权限。

system2(command = "chmod", args = "-x model.sh")

任何系统命令都可以这样运行，见help("system2")。

参数向量可以是单个字符串，如上面最后一个chmod 命令，也可以是每个参数按顺序排列的向量。

system2("chmod", args = c("-x", "model.sh"))

在这种情况下，system2 的返回值是操作系统命令错误代码。

res <- system2(command = "ls", args = c("-l", "model.sh"))
#-rwxrwxr-x 1 rui rui 45 fev  7 07:24 model.sh

res
#[1] 0

要让命令返回其输出的字符向量，请设置stdout = TRUE。

system2(command = "chmod", args = c("+x", "model.sh"))
main_sh <- system2(command = "./model.sh",
                   args = c("model.py","x.json"),
                   stdout = TRUE
)

有关返回值的更多详细信息，请参阅帮助页面部分Value。