在linux中部分合并2个文本文件答案

【问题标题】：partial merging 2 text file in linux在linux中部分合并2个文本文件
【发布时间】：2016-11-26 16:06:09
【问题描述】：

我有 2 个文本文件，我想将它们合并到一个新文件中。

我的第一个文件是这样的

DjScaffold1002  blastx  protein_match   50305   51044   125 -   .   ID=DjScaffold1002:hit:2832:3.10.0.0;Name=sp|Q9UEW3|MARCO_HUMAN
DjScaffold1002  blastx  protein_match   50305   50892   208 -   .   ID=DjScaffold1002:hit:2833:3.10.0.0;Name=sp|Q60754|MARCO_MOUSE
DjScaffold1002  blastx  protein_match   44584   45176   145 -   .   ID=DjScaffold1002:hit:2834:3.10.0.0;Name=sp|Q7SIB2|CO4A1_BOVIN

第二个文件 =

Q9UEW3  MARCO
Q60754  Marco
Q7SIB2  COL4A1

和我的预期输出一样，我的意思是从第一行到第二个文件的第一列映射第 9 列字符串的一部分，应该是这样的：

DjScaffold1002  blastx  protein_match   50305   51044   125 -   .   ID=DjScaffold1002:hit:2832:3.10.0.0;Name=sp|Q9UEW3|MARCO_HUMAN;Symbol=MARCO
DjScaffold1002  blastx  protein_match   50305   50892   208 -   .   ID=DjScaffold1002:hit:2833:3.10.0.0;Name=sp|Q60754|MARCO_MOUSE;Symbol=Marco
DjScaffold1002  blastx  protein_match   44584   45176   145 -   .   ID=DjScaffold1002:hit:2834:3.10.0.0;Name=sp|Q7SIB2|CO4A1_BOVIN;Symbol=COL4A1

另外，我想保留第一个文件中未与第二个文件映射的行。

如何使用 awk 执行此操作？

【问题讨论】：

如果您使用 awk，则永远不需要 grep，因为 awk 可以做 grep 可以做的任何有用的事情。
很抱歉，此命令不适用于我的文件。

标签： linux shell ubuntu awk grep

【解决方案1】：

您可以使用 awk 来合并它们：

awk 'FNR == NR{a[$1]=$2; next} $2 in a{$0 = $0 ";symbol=" a[$2]} 1' f2 FS='[|]' f1

L1  code=c|id1|;name=name1;symbol=symbol1
L2  code=c|id2|;name=name1;symbol=symbol2
L0  code=c|id0|;name=name0;

对于您编辑的样本：

awk 'FNR == NR{a[$1]=$2; next} $2 in a{$0 = $0 ";symbol=" a[$2]} 1' f2 FS='[|]' f1

DjScaffold1002  blastx  protein_match   50305   51044   125 -   .   ID=DjScaffold1002:hit:2832:3.10.0.0;Name=sp|Q9UEW3|MARCO_HUMAN;symbol=MARCO
DjScaffold1002  blastx  protein_match   50305   50892   208 -   .   ID=DjScaffold1002:hit:2833:3.10.0.0;Name=sp|Q60754|MARCO_MOUSE;symbol=Marco
DjScaffold1002  blastx  protein_match   44584   45176   145 -   .   ID=DjScaffold1002:hit:2834:3.10.0.0;Name=sp|Q7SIB2|CO4A1_BOVIN;symbol=COL4A1

【讨论】：

它适用于显示的示例数据。如果您的数据与您的数据不同，您应该相应地更新问题。
亲爱的@anubhava，您的上一版工作正常。我感谢您的帮助。艾哈迈德