如何在大矩阵中组合具有相似名称的列

Question

我正在尝试使用 R studio 来组合微生物数据矩阵中的列。当我将 .csv 导入 R 时，如下所示：

        species.1   taxa.1   species.2   another.1  taxa.2
ind1    2           4        2           4          3
ind2    4           2        6           3          0

我希望它看起来像：

       species    taxa    another
ind1   4          7       4
ind2   10         2       3

我看到了允许我在小范围内执行此操作的不同代码，但我需要一些东西来帮助我为大型数据集 (54x521) 进行协调。

Answer 1

假设您的矩阵称为 dt，您可以这样做：

使用base R，你可以做到

sapply(split.default(data.frame(dt),sub("\\..*","",colnames(dt))),rowSums)

     another species taxa
ind1       4       4    7
ind2       3      10    2