传播线性范围的快速方法[重复]

Question

我有一个data.frame，其中每一行都是一个线性区间——具体来说，这些区间是染色体上的开始和结束坐标（下面的chr）：

df <- data.frame(chr = c("chr1","chr2","chr2","chr3"),
                 strand = c("+","+","-","-"),
                 start = c(34,23,67,51),
                 end = c(52,49,99,120),
                 stringsAsFactors = F)

染色体有两条链，因此有strand 列。

我想spread 这些间隔的宽度为 1，从而将 start 和 end 列替换为 position 列。到目前为止，我正在使用这个：

spread.df <- do.call(rbind,lapply(1:nrow(df),function(i)
  data.frame(chr = df$chr[i], strand = df$strand[i], position = df$start[i]:df$end[i], strand = df$strand[i], stringsAsFactors = F)
))

但是对于我拥有的间隔数量和它们的大小来说，它有点慢。所以我的问题是是否有更快的选择。

Answer 1

map2 会很快

library(dplyr)
library(purrr)
library(tidyr)
df %>% 
  transmute(chr, strand, position = map2(start, end, `:`)) %>% 
   unnest(position)

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或使用data.table

library(data.table)
setDT(df)[, .(position = start:end), .(chr, strand)]