合并线性区间答案

【问题标题】：Merge linear intervals合并线性区间
【发布时间】：2016-07-07 09:58:36
【问题描述】：

我有一个data.frame，它由每个id 的线性间隔组成：

df <- data.frame(id = c(rep("a",3),rep("b",4),rep("d",4)),
                 start = c(3,4,10,5,6,9,12,8,12,15,27),
                 end = c(7,8,12,8,9,13,13,10,15,26,30))

我正在寻找一个高效的函数，它将每个id 的所有相交区间联合起来。对于df，结果将是：

res.df <- data.frame(id = c("a","a","b","d","d","d"),
                     start = c(3,10,5,8,12,27),
                     end = c(8,12,13,10,26,30))

为此，我最终将能够总结每个 id 的所有联合间隔以获得它们的组合长度：

sapply(unique(res.df$id), function(x) sum(res.df$end[which(res.df$id == x)]-res.df$start[which(res.df$id == x)]+1))

【问题讨论】：

这可能有用：stackoverflow.com/questions/27574775/…

标签： r intervals intersect iranges

【解决方案1】：

#source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
#biocLite("IRanges")
library(IRanges)
df1 <- as(df, "RangedData")

as.data.frame(reduce(df1, by = "id", min.gapwidth = 0.5))

#  space start end width id
#1     1     3   8     6  a
#2     1    10  12     3  a
#3     1     5  13     9  b
#4     1     8  10     3  d
#5     1    12  26    15  d
#6     1    27  30     4  d

【讨论】：