使用 csplit 拆分 fasta 文件

Question

我需要将一个大的 fasta 文件拆分成较小的文件。我正在尝试以下命令：

csplit -z input.fasta '/>/' '{*}'

但它正在生成大量文件（对于每个“>”）。有没有办法要求只创建两个较小的文件？

谢谢

Answer 1

根据它的manpage csplit 在给定模式的每次出现时拆分一个文件 - 因此它为每个序列生成一个文件。

如果您想按文件大小拆分文件而忽略其内容，您可以查看split 和-C-参数。

尽管如此，您可能无法获得两个有效的 fasta 文件，因为文件中间的序列块可能会被拆分。