如何使用 Git 组织一组科学实验答案

【问题标题】：How to organize a set of scientific experiments using Git如何使用 Git 组织一组科学实验
【发布时间】：2013-01-08 06:40:09
【问题描述】：

我正在对模型进行实验，工作流程如下：

我在模型中工作（Python 软件）
我更改了一些参数并运行了一个实验
然后，我将实验结果存储起来（作为泡菜）。
然后，我将使用另一个软件（IPython Notebooks）分析（腌制）结果。

我使用Git and Scientific Reproducibility 作为指导，其中实验的结果存储在一个表中，沿着提交的哈希值。我想将结果存储在一个目录中，将目录命名为哈希。

考虑到版本控制，我想隔离code 和analysis。例如，analysis 中 IPython 笔记本中绘图颜色的更改不应更改 code 中的任何内容

我正在考虑的方法：

这样的目录结构：

model
- code
- simulation_results
   - a83bc4
   - 23e900
   - etc 
- analysis

以及 code 和 analysis 的不同 Git 存储库，将 simulation_results 留在 Git 之外。

有没有cmets？更好的解决方案？谢谢。

【问题讨论】：

simulation_results 下的十六进制数字应该是什么意思？（我猜它们是提交 ID，但我错过了一些上下文。）
我认为子模块是一个好方法。我已经编辑并详细说明了我的答案。
嗨约瑟夫，是的，十六进制数字确实是提交 ID。
你好 VonC。感谢您详细回答，非常有帮助。

标签： git scientific-computing

【解决方案1】：

这听起来不错，您的结构非常适合使用 git submodules、model 成为父 git 存储库。

这样，您将在 model 存储库中将 code 和 analysis SHA1 链接在一起。

这意味着您可以根据model 存储库（“父”存储库）的 SHA1 在私有（即未版本化）目录 model/simulation_results 中创建您的目录：SHA1 链接了 project 和analysis 子模块，这意味着您可以准确地再现实验（基于project 和analysis 的确切内容）。

【讨论】：