当`methods`失败时，如何判断函数调用正在使用什么方法？

Question

还不如让猫从袋子里出来，说我已经尝试了大约一天来弄清楚当我为 SpatialPolygons* 类的对象调用 plot 时发生了什么。我的直觉是寻找plot.SpatialPolygonsDataFrame，这种方法适用于我见过和遇到的任何其他示例，但都失败了。

快速示例：

US States .shp file 在这里。

library(maptools)
us.states<-readShapePoly("cb_2014_us_state_5m.shp")
plot(us.states)

有点笨拙，但不管怎样——关键是对plot 和深层R 的简单调用就知道调用哪个方法来为我们提供所有形状的表示。

经过一番搜索，我尝试了各种 SO Q&As 建议的其他两种方法，首先是：

> methods(plot)
 [1] plot.aareg*                         plot.acf*                          
 [3] plot,ANY,ANY-method                 plot.cox.zph*                      
 [5] plot.data.frame*                    plot.decomposed.ts*                
 [7] plot.default                        plot.dendrogram*                   
 [9] plot.density*                       plot.ecdf                          
[11] plot.factor*                        plot.formula*                      
[13] plot.function                       plot.hclust*                       
[15] plot.histogram*                     plot.HoltWinters*                  
[17] plot.isoreg*                        plot.lm*                           
[19] plot.medpolish*                     plot.mlm*                          
[21] plot.ppr*                           plot.prcomp*                       
[23] plot.princomp*                      plot.profile.nls*                  
[25] plot.raster*                        plot.shingle*                      
[27] plot,SpatialGrid,missing-method     plot,SpatialLines,missing-method   
[29] plot,Spatial,missing-method         plot,SpatialPixels,missing-method  
[31] plot,SpatialPoints,missing-method   plot,SpatialPolygons,missing-method
[33] plot.spec*                          plot.spline*                       
[35] plot.stepfun                        plot.stl*                          
[37] plot.survfit*                       plot.table*                        
[39] plot.times*                         plot.trellis*                      
[41] plot.ts                             plot.tskernel*                     
[43] plot.TukeyHSD*                      plot.xyVector*                     
[45] plot.zoo*                              

答案似乎在插槽 27-32；然而，每一个后面都有一个令人烦恼的逗号！没有提到这在?methods 中是可能的，?plot,SpatialPolygons,missing-method 是一个错误。快速搜索missing-method 没有任何用处，?methods 中也没有提及。

好的；继续。 getS3method 呢？ getMethod? getMethods? getAllMethods??

> getS3method("plot","SpatialPolygonsDataFrame")
Error in getS3method("plot", "SpatialPolygonsDataFrame") : 
  S3 method 'plot.SpatialPolygonsDataFrame' not found

> getMethod("plot","SpatialPolygonsDataFrame")
Error in getMethod("plot", "SpatialPolygonsDataFrame") : 
  no method found for function 'plot' and signature SpatialPolygonsDataFrame

后两者已被弃用，也不返回任何内容。

显然，这些功能只是我第一直觉的替代品。

那么现在呢？当传递SpatialPolygonsDataFrame 时，如何判断plot 正在调用哪个方法？是否有任何通用方法可以替代我上面使用的方法来解决这个问题？

编辑：

我偶然发现了this (=?`Spatial-Polygons-class` )，上面写着：

空间多边形的plot 方法采用以下参数：

但它仍然没有确切说明该方法是什么。

Answer 1

部分答案：方法是sp:::plot.SpatialPolygons。我不知道为什么这些逗号会出现在methods(plot) 的结果中； plot,SpatialPolygons,missing-method 对我来说毫无意义（我也看到了）。

我通过引发错误找到了答案。我没有你的形状文件，所以我从help("SpatialPolygonsDataFrame-class") 中获取了示例，我从?SpatialPolygons" 中获取了该示例。示例如下：

Sr1 = Polygon(cbind(c(2,4,4,1,2),c(2,3,5,4,2)))
Sr2 = Polygon(cbind(c(5,4,2,5),c(2,3,2,2)))
Sr3 = Polygon(cbind(c(4,4,5,10,4),c(5,3,2,5,5)))
Sr4 = Polygon(cbind(c(5,6,6,5,5),c(4,4,3,3,4)), hole = TRUE)
Srs1 = Polygons(list(Sr1), "s1")
Srs2 = Polygons(list(Sr2), "s2")
Srs3 = Polygons(list(Sr3, Sr4), "s3/4")
SpP = SpatialPolygons(list(Srs1,Srs2,Srs3), 1:3)
plot(SpP, col = 1:3, pbg="white")

然后我更改了绘图调用以给出错误：

plot(SpP, col = kasjdhfkjasdfhkas, pbg = "white")
# Error in plot.SpatialPolygons(x, ...) : object 'kasjdhfkjasdfhkas' not found

（除非您在工作区中将kasjdhfkjasdfhkas 定义为向量，否则应该可以使用）。果然，

sp:::plot.SpatialPolygons

显示了方法的代码。

Answer 2

回答 Gregor 提出的几个问题。 methods 函数以前不显示 S4 方法的结果，但现在可以了。在 NEWS 文档中进行搜索，我发现这是在 3.2.0 版中添加的：

methods() reports S4 in addition to S3 methods; output is simplified when the class 
argument is used. .S3methods() and methods::.S4methods() report S3 and S4 methods separately.

SpatialPolygons 是 S4 对象，因此具有调度的槽和 S4 方法。您可以通过以下方式显示 S4 方法：

showMethods(f='plot', classes='SpatialPolygons', includeDefs=TRUE)
#    ---- result ---
Function: plot (package graphics)
x="SpatialPolygons", y="missing"
function (x, y, ...) 
plot.SpatialPolygons(x, ...)

这告诉您该类有一个 S4 函数。您可以执行sp:::SpatialPolygons 或getAnywhere(plot.SpatialPolygons) 来查看函数代码。 （通常使用includeDefs=TRUE 的调用会显示R 代码，但此处不显示。）methods(plot) 在加载包'sp' 时的结果告诉您，在工作区中注册了8 种不同的绘图S4 方法。逗号后面的项目是用于函数调度的“签名”。 “missing-method”是指不指定第二个参数的情况，其中在函数体内执行的missing函数会返回TRUE：

  [1] plot,ANY,ANY-method                 plot,color,ANY-method              
  [3] plot,Spatial,missing-method         plot,SpatialGrid,missing-method    
  [5] plot,SpatialLines,missing-method    plot,SpatialPixels,missing-method  
  [7] plot,SpatialPoints,missing-method   plot,SpatialPolygons,missing-method

这将向您展示当传递给它的对象不匹配任何 S4 方法时，然后用于调度 plot-call 的内容：

showMethods(f='plot', classes='ANY', includeDefs=TRUE)
Function: plot (package graphics)
x="ANY", y="ANY"
function (x, y, ...) 
UseMethod("plot")


x="color", y="ANY"
function (x, y, ...) 
{
    .local <- function (x, y, pch = 20, cex = 3) 
    pairs(coords(x), col = hex(x, fix = TRUE), pch = pch, cex = cex)
    .local(x, y, ...)
}

基本上，R 解释器首先会检查是否有任何 S4 方法是合适的，如果失败，将开始遍历 S3 方法，直到到达 plot.default。

> getMethod(f='plot', signature=c(x='SpatialPolygons', y='missing'))
Method Definition:

function (x, y, ...) 
plot.SpatialPolygons(x, ...)
<environment: namespace:sp>

Signatures:
        x                 y        
target  "SpatialPolygons" "missing"
defined "SpatialPolygons" "missing"

顺便说一句，我在?getMethods 的回复中看到了这一点：

## Deprecated in 2010 and defunct in 2015 for \code{table = FALSE}:
getMethods(f, where, table = FALSE)