【发布时间】：2017-09-25 12:42:52
【问题描述】：
我最近正在使用mgcv GAM 进行一些计算测试。修改了一些原有的功能，增加了一些。为了不破坏兼容性，对于我要修改的每个函数，我都会创建一个新版本，函数名称中带有 .zheyuan 后缀。例如，使用Sl.fit 函数进行惩罚最小二乘拟合，我将有一个Sl.fit.zheyuan。我会简单地将我编写的所有 R 函数收集到一个独立的 R 脚本“zheyuan.R”中。通过将此文件添加到mgcv_1.8-17 package source 的R 目录中，并将修改后的包编译到本地路径中，我可以将其加载用于测试目的。
我在添加 R 例程时没有问题，但在添加 C 例程时没有问题。安装修改后的包时没有发生错误，但是当我调用我添加的 C 例程的 R 包装函数时，我会收到问题标题中的错误。如果您对我的情况感兴趣，您可以按照以下步骤重现此类错误。
第一步：下载最新的包源
从以上链接下载 1.8-17 版本。当新的mgcv 版本在 CRAN 上发布时，此类链接将失效。但您可以随时前往mgcv CRAN page 下载最新版本。
让我们untar 来源。首先，删除文件MD5，这样我们在编译修改版本时就不会收到烦人的MD5警告。接下来，我们将在R目录和src目录中添加新内容。
第 2 步：创建 R 脚本
考虑以下 R 包装函数：
RX <- function (R, X) {
X <- X + 0
.Call("C_mgcv_RX", R, X)
X
}
创建一个R脚本“zheyuan.R”来放置这个函数，并将其添加到mgcv/R中。
第 3 步：添加 C 例程
有关矩阵计算的 C 例程通常位于 src/mat.c 下。所以让我们在这个脚本的末尾添加一个新函数：
void mgcv_RX (SEXP R, SEXP X) {
int nrowX = nrows(X);
int ncolX = ncols(X);
double one = 1.0;
F77_CALL(dtrmm)("l", "u", "n", "n", &nrowX, &ncolX, &one, REAL(R), &nrowX, REAL(X), &nrowX);
}
这是一个简单的例程，将上三角矩阵R 与矩形矩阵X 相乘。输出矩阵将覆盖X。为此目的将调用 Level-3 BLAS dtrmm。我们不需要担心头文件或运行时链接到 BLAS 库。标头在mat.c 中可用，与BLAS 的链接由R 管理。
第四步：注册 C 例程
以上是不够的。 mgcv 中的每个 C 例程将出现在三个位置。例如，让我们尝试搜索原生 C 例程：
grep mgcv_RPPt mgcv/src/*
# mgcv/src/init.c: {"mgcv_RPPt",(DL_FUNC)&mgcv_RPPt,3},
# mgcv/src/mat.c:void mgcv_RPPt(SEXP a,SEXP r, SEXP NT) {
# mgcv/src/mgcv.h:void mgcv_RPPt(SEXP a,SEXP r, SEXP NT);
我们还需要附加一个头文件mgcv.h，并在init.c中注册这个C例程。
让我们追加
void mgcv_RX (SEXP R, SEXP X);
到mgcv.h 的末尾，在init.c 内部，执行：
R_CallMethodDef CallMethods[] = {
{"mgcv_pmmult2", (DL_FUNC) &mgcv_pmmult2,5},
{"mgcv_Rpiqr", (DL_FUNC) &mgcv_Rpiqr,5},
{"mgcv_tmm",(DL_FUNC)&mgcv_tmm,5},
{"mgcv_Rpbsi",(DL_FUNC)&mgcv_Rpbsi,2},
{"mgcv_RPPt",(DL_FUNC)&mgcv_RPPt,3},
{"mgcv_Rpchol",(DL_FUNC)&mgcv_Rpchol,4},
{"mgcv_Rpforwardsolve",(DL_FUNC)&mgcv_Rpforwardsolve,3},
{"mgcv_Rpcross",(DL_FUNC)&mgcv_Rpcross,3},
{"mgcv_RX",(DL_FUNC)&mgcv_RX,2}, // we add this line
{NULL, NULL, 0}
};
第 5 步：编译和加载
tar将mgcv文件夹修改为mgcv.tar.gz。
打开一个新的、干净的 R 会话（可能需要R --vanilla 来启动）。然后指定本地库路径并运行：
path <- getwd() ## let's just use current working directory
## make sure you move "mgcv.tar.gz" into current working path
install.packages("mgcv.tar.gz", repos = NULL, lib = path)
library(mgcv, lib.loc = path)
第 6 步：测试并得到错误
R <- matrix(runif(25), 5)
R[lower.tri(R)] <- 0
X <- matrix(runif(25), 5)
mgcv:::RX(R, X) ## function is not exported, so use `mgcv:::` to find it
# Error in .Call("C_mgcv_RX", R, X) :
# "C_mgcv_RX" not resolved from current namespace (mgcv)
谁能解释一下为什么以及如何解决这个问题？
【问题讨论】：
标签： c r namespaces r-package mgcv