【发布时间】：2013-07-08 23:46:16
【问题描述】：
考虑在 R 会话中定义的以下简单函数：
nathanvan@nathanvan-N61Jq:~$ R
R version 3.0.1 (2013-05-16) -- "Good Sport"
... snip ...
> make.a.Matrix <- function(data, nrow, ncol) {
+ require(Matrix)
+ return( Matrix(data, nrow=nrow, ncol=ncol))
+ }
>
> transpose.a.Matrix <- function(data, nrow, ncol ) {
+ return(t( make.a.Matrix(data, nrow=nrow, ncol=ncol) ))
+ }
>
> make.a.Matrix(1:12, 3, 4)
Loading required package: Matrix
Loading required package: lattice
3 x 4 Matrix of class "dgeMatrix"
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 1 4 7 10
[2,] 2 5 8 11
[3,] 3 6 9 12
> transpose.a.Matrix(1:12, 3, 4)
4 x 3 Matrix of class "dgeMatrix"
[,1] [,2] [,3]
[1,] 1 2 3
[2,] 4 5 6
[3,] 7 8 9
[4,] 10 11 12
如果我们将这些相同的函数放入一个包中，transpose.a.Matrix 函数将不再起作用。 由于描述包创建过程太冗长，我只是发布了包here 的副本。我已经在问题末尾发布了DESCRIPTION 和NAMESPACE 文件。如果其他文章是相关的，我也很乐意发布它们。让我知道！
nathanvan@nathanvan-N61Jq:~$ R
R version 3.0.1 (2013-05-16) -- "Good Sport"
... snip ...
> require(minimalbugexample)
Loading required package: minimalbugexample
Loading required package: Matrix
Loading required package: lattice
Loading required package: testthat
> make.a.Matrix(1:12, 3, 4)
3 x 4 Matrix of class "dgeMatrix"
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 1 4 7 10
[2,] 2 5 8 11
[3,] 3 6 9 12
> transpose.a.Matrix(1:12, 3, 4)
Error in t.default(make.a.Matrix(data, nrow = nrow, ncol = ncol)) :
argument is not a matrix
> transpose.a.Matrix
function(data, nrow, ncol ) {
return(t( make.a.Matrix(data, nrow=nrow, ncol=ncol) ))
}
<environment: namespace:minimalbugexample>
我认为这里的关键是命名空间有些奇怪。请注意，如果我调试该函数，我可以手动调用Matrix::t，它会在base::t 失败并出现相同错误时工作。
> debug(transpose.a.Matrix)
> transpose.a.Matrix(1:12, 3, 4)
debugging in: transpose.a.Matrix(1:12, 3, 4)
debug at /home/nathanvan/Ubuntu One/workspace/experimental-design/software/minimalbugexample/R/use-Matrix-package.R#31: {
return(t(make.a.Matrix(data, nrow = nrow, ncol = ncol)))
}
Browse[2]> t(Matrix(1:12, 3, 4))
Error in t.default(Matrix(1:12, 3, 4)) : argument is not a matrix
Browse[2]> t
function (x)
UseMethod("t")
<bytecode: 0x46b0a88>
<environment: namespace:base>
Browse[2]> Matrix::t(Matrix(1:12, 3, 4))
4 x 3 Matrix of class "dgeMatrix"
[,1] [,2] [,3]
[1,] 1 2 3
[2,] 4 5 6
[3,] 7 8 9
[4,] 10 11 12
Browse[2]> base::t(Matrix(1:12, 3, 4))
Error in t.default(Matrix(1:12, 3, 4)) : argument is not a matrix
然而使用showMethods，它建议只使用t 应该找到正确的，即使它没有。
Browse[2]> showMethods('t')
Function: t (package base)
x="ANY"
x="CsparseMatrix"
x="dgeMatrix"
x="diagonalMatrix"
x="dppMatrix"
x="dsCMatrix"
x="dspMatrix"
x="dsTMatrix"
x="dsyMatrix"
x="dtpMatrix"
x="dtrMatrix"
x="dtTMatrix"
x="lgeMatrix"
x="lspMatrix"
x="lsTMatrix"
x="lsyMatrix"
x="ltpMatrix"
x="ltrMatrix"
x="ltTMatrix"
x="matrix"
(inherited from: x="ANY")
x="Matrix"
x="ngeMatrix"
x="nspMatrix"
x="nsTMatrix"
x="nsyMatrix"
x="ntpMatrix"
x="ntrMatrix"
x="ntTMatrix"
x="pMatrix"
x="RsparseMatrix"
x="TsparseMatrix"
现在，我可以通过编辑包的源来“修复”它，以便 transpose.a.Matrix 函数指定它需要 Matrix::t 方法：
transpose.a.Matrix <- function(data, nrow, ncol ) {
require(Matrix)
return(Matrix::t( make.a.Matrix(data, nrow=nrow, ncol=ncol) ))
}
但这似乎不需要它。我错过了什么？
我的说明文件是
Package: minimalbugexample
Title:
Description:
Version: 0.1
Author: Nathan VanHoudnos <nathanvan@letterafterFmail.com>
Maintainer: Nathan VanHoudnos <nathanvan@letterafterFmail.com>
Depends:
R (>= 3.0.1),
Matrix (>= 1.0),
testthat
License: GPL
LazyData: true
Collate:
'minimalbugexample-package.r'
'use-Matrix-package.R'
我的 NAMESPACE 文件是
export(make.a.Matrix)
export(transpose.a.Matrix)
我可以根据要求发布其他作品。
【问题讨论】：
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尝试从您的命名空间中的
Matrix导入t。 -
Matrix 包使用 S4 方法，需要特别注意导入和导出。您是否阅读了 R-exts 手册中标题为 Namespaces with S4 classes and methods 的部分？
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@JoshO'Brien 我没有。我已经让它工作了。你想让我写一个答案，还是你愿意？ （这样你就可以得到'接受'）。谢谢！
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@NathanVanHoudnos -- 如果你能写出有效的步骤，那就太好了。感谢您抽出宝贵时间以这种方式结束！
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@JoshO'Brien 完成。如果您有时间，您能否检查一下我的答案是否正确？
标签： r namespaces sparse-matrix