tmPlot 在命名空间中，但未找到其依赖项答案

【问题标题】：tmPlot is in namespace, but its dependencies are not foundtmPlot 在命名空间中，但未找到其依赖项
【发布时间】：2023-03-20 15:22:02
【问题描述】：

我有一个使用来自treemap 的tmPlot 函数的包，但是当我尝试使用该函数时，它会抛出一个错误，即它的依赖项之一未加载：

Error in tmPlot(data, index = index, vSize = vSize) : 
  could not find function "brewer.pal"

依赖项已安装并在命名空间中。

这个问题有一点设置，是一个包问题，但我尽量让它尽可能小：

确保您已安装 treemap（及其所有依赖项）。

我创建了一个名为“anRpackage”的目录。里面是一个文件夹（'R'）和一个包含以下文本的说明文件：

Package: anRpackage
Title: What the package does (short line)
Version: 1.0
Author: Who wrote it
Maintainer: Who to complain to <yourfault@somewhere.net>
Description: More about what it does (maybe more than one line)
License: What license is it under?
Imports:
    treemap
Collate:
    'maketree.R'

在 R/ 文件夹中有一个名为“maketree.R”的 R 文件。其内容为：

#' maketree
#' 
#' @importFrom treemap tmPlot
#' @export maketree

maketree <-
function(data, index, vSize){
  tmPlot(data, index=index, vSize=vSize)
}

假设您位于“anRpackage”上方的目录中，请运行以下脚本：

library(roxygen2)
roxygenise("anRpackage/")

library(devtools)

build("anRpackage")
install("anRpackage")

重新启动 R（最好使用 --vanilla）并运行以下命令：

library(anRpackage)

data(mtcars)
maketree(mtcars, "cyl", "mpg")

您应该得到我在开始时描述的错误。为什么会这样？ RColorBrewer 被列为 Depends for treemap，所以它应该是自动导入的，不是吗？

【问题讨论】：

尝试添加import RColorBrewer。 treemap 可能不会自动加载此包，或者它可能会自动加载，但仅调用树图中的一个函数不会调用 RColorBrewer。
@TylerRinker 这并不是我想要解决这个问题（通过在函数中添加library(treemap) 可以很容易地解决这个问题）。更重要的是，我想知道为什么这个问题会在这里发生，而根据我的理解，它不应该发生。我不明白为什么有些包需要手动加载而不是其他包。

标签： r namespaces treemap

【解决方案1】：

在调用tmPlot(data, index = index, vSize = vSize)之前，需要加载RColorBrewer：

require(RColorBrewer)

【讨论】：

【解决方案2】：

问题出在树形图上。 treemap 使用 brewer.pal，Imports: RColorBrewer 和 importFrom(RColorBrewer, brewer.pal) 也应如此。

就目前而言，如果用户说library(treemap)、treemap 和 RColorBrewer 附加到search() 路径，并且在评估tmPlot 时在搜索路径上找到brewer.pal，则一切正常。当然，如果用户说brewer.pal="yeast" 或其他东西，包会损坏，因为会发现错误的符号；这是命名空间的原因之一，以保护树图的功能免受用户可能做的事情。

但是当您（正确地）导入：树形图时会发生什么？树图已加载（到内存中），但树图及其依赖项均未附加（到搜索路径）。所以brewer.pal 没有找到。

如果树图是 Imports: RColorBrewer，那么当树图通过调用 library(treemap) 附加到搜索路径时，以及仅导入到您的包中时，都可以找到 brewer.pal。

联系 treemap 的维护者，要求他们更仔细地构建名称空间。

【讨论】：

解释得很好。我需要就这个请求联系几个包维护者，并想知道是否有规范文档可以指向他们——在 R 文档、CRAN 网站或 R-devel list-serve 中特别好的东西。现在我可能只使用你的答案。谢谢。
同意，很好的解释+1
那么主要问题是他们使用 Depends 而不是 Imports 或者他们的 NAMESPACE 缺少适当的语句？
@sebastian-c 对于这个特定问题，treemap 应该使用 Imports: RColorBrewer in DESCRIPTION （并且可能不依赖于：RColorBrewer -- treemap 最终用户不需要直接使用 RColorBrewer 函数），并且将 importFrom(RColorBrewer, brewer.pal) 添加到他们的 NAMESPACE。快速浏览一下，应该导入额外的包/符号。
@MartinMorgan 我联系了包的作者，他告诉我这将在下一个版本中修复。

【解决方案3】：

我认为这是因为您在 DESCRIPTION 文件中使用了 Imports 而不是 Depends。

如果您使用Depends: treemap，则在您加载包时会加载并附加treemap 包，因此也会加载treemap 依赖项。

如果您使用Imports: treemap，则只导入指定的命名空间，即您可以在函数中使用treemap 变量。但似乎在这种情况下，treemap 依赖项没有加载。

所以我认为你应该要么使用Depends: treemap（但现在似乎提倡使用Imports），或者直接从你的包中导入RColorBrewer。

抱歉，不确定这是否真的回答了您的问题，您可能已经完全了解所有这些要点...

【讨论】：