如何找出我的 R 对象来自哪个库？答案

【问题标题】：How can I find out from which library my R object is from?如何找出我的 R 对象来自哪个库？
【发布时间】：2021-03-11 19:47:37
【问题描述】：

我仍然对 R 中如何处理命名空间感到有些困惑。特别是，我使用 Bioconductor 生态系统，在该生态系统中，我没有明确加载的各种库中的大量内容在后台被调用。
具体来说，我正在使用oligo 包读取.cel 文件，它返回给我一个HTAFeatureSet 对象，我不知道它来自哪个包。一个简单的谷歌搜索也不是很有帮助，我只是得到了关于如何使用这些对象的结果，而不是它来自哪个库。

R 中是否有类似于? 或class 的函数返回对象的库，以便我可以阅读更多有关该对象背后的想法的信息？

【问题讨论】：

oligo 已经是我正在使用的包的名称，所以help(oligo) 只会产生“指定包和库中没有'oligo'的文档：你可以试试'??oligo'” .命令??oligo 也很有用。现在，来自其他编程语言，我通常会假设我的 HTAFeatureSet 类只是来自我最初使用的包，但不幸的是，在使用 Bioconductor 环境时，这似乎不是真的......跨度>
我不确定谁投了反对票，我猜你的问题听起来有点含糊。 HTAFeatureSet 来自包 oligo。当您阅读 cel 文件时，它会设置类。 rdrr.io/bioc/oligo/src/R/read.celfiles.R 。不幸的是，关于可以应用哪些方法的文档并不多。
我无法安装该软件包，但从rdrr.io/bioc/oligo/src/R/methods-HtaFeatureSet.R 我认为您可以使用 rma() 和 stArrayPmInfo() 以及其他可能
代替??oligo试试??HTAFeatureSet

标签： r namespaces libraries bioconductor

【解决方案1】：

在没有安装包和检查类结构的情况下，因为我们没有提供任何示例数据：一般来说，任何类都会有与之关联的方法。

methods(class = "HTAFeatureSet")

然后该列表将通过? 访问帮助页面，并且该函数来自的包将列在左上角。例如

?print.HTAFeatureSet

请注意，访问该类可用的任何方法的帮助都需要将类名包含在点之后的搜索中。

学习使用不熟悉的类的一个非常有用的工具是检查对象的结构。

str(yourvariablewithdata)

在分析R 中的基因组数据时，某些类以list 或data.frame 的形式存储数据。然后可以使用相应的方法直接操作这些元素。在其他情况下，例如类DNAbin（包ape），数据以位级格式存储，使用提供的函数更容易进行数据操作。

【讨论】：

【解决方案2】：

好的 - 我做了一些搜索。所以Bioconductor 包含很多包。像成千上万一样。我不确定你导入了哪些。但我会从这里开始： https://www.bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#___Software 为您的 HTAFeatureSet。由于这似乎是一个非常利基的工作空间，因此在 Bioconductor 网站之外可能不会有太多信息。大多数 R 包都会有一个与之关联的 CRAN 页面。你也可以试试。

【讨论】：

这如何回答这个问题？
找到存放他盲目安装的数千个软件包的网站没有帮助？
OP 知道它来自 bioconductor 并且您的答案没有以任何方式显示答案，“我如何才能找出我的 R 项目来自哪个库？”如果您指向代码或在包中创建了通用函数，我认为这会有所帮助
通读 cmets 我现在意识到我的标题中有一个错字：我的意思是“R 对象”而不是“R 项目”！猜猜这解释了混乱和否决...