在 Shiny 服务器上运行应用程序时，使用 GPU 的脚本会引发错误答案

【问题标题】：Script using GPU throws error when running app on Shiny server在 Shiny 服务器上运行应用程序时，使用 GPU 的脚本会引发错误
【发布时间】：2019-03-26 01:29:22
【问题描述】：

我使用 Shiny 包在 R 中编写了一些代码。从 RStudio 运行 shiny::runApp() 时，应用运行正常。

我尝试将应用程序托管在 Shiny 服务器上，并且 GUI 可以正确启动。但是，当单击“Enviar 信息”按钮时，右侧应该会出现一个图。（您可以看到应用程序的外观 here，但它不起作用，因为该链接不在 Shiny 服务器上，而是在 Shinyapps.io 上）。

日志文件的相关部分如下：

Listening on http://127.0.0.1:38327
Loading required package: Rcpp
Warning: Error in [: subscript out of bounds
  211: FUN [/srv/shiny-server/spike_sorting/server.R#82]
  210: apply
  209: cluster_som_h [/srv/shiny-server/spike_sorting/server.R#82]
  ...

所以错误在函数cluster_som_h 内部。在尝试了一些东西之后，我发现了导致错误的原因，但不知道如何解决它。在这个函数中，我使用了来自package Rsomoclu 的函数Rsomoclu.train() 和kernelType = 1。这意味着该函数在 GPU 上运行。如果我设置kernelType = 0，那么该应用程序在runApp() 和Shiny 服务器上都可以正常工作。这就是问题所在：由于某种原因，如果应用程序从 Shiny 服务器运行，则在 GPU 上运行该函数不起作用，但如果它是使用 runApp() 从 RStudio 运行的，则它确实有效。强>

可能发生了一些事情，因为我的计算机上安装了 CUDA，但是当我尝试从服务器运行它时，发生了一些事情。有没有办法来解决这个问题？我相信无论应用程序在 LAN 的哪个位置运行，从这台特定的计算机运行代码都可以解决这个问题。这可能吗？

【问题讨论】：

我猜是algorithm_output <<- cluster_som_h(size, epochs, path)。将它放在它自己的 reactive 对象中，而不是使用超级赋值运算符。
@Phil 如果这是问题所在，那么在执行runApp() 时它是否有意义？我的意思是：如果这是问题所在，runApp() 方法不会也失败吗？
如果没有经过全面测试，我很难回答，但由于本地机器和服务器之间的环境不同，它可以工作。我建议将 algorithm_output 更改为响应式对象，看看它是否能解决问题。请记住在调用algorithm_output 时始终添加()。
@Phil 我尝试在cluster_som_h 中编写一些简单的代码，而不是实际代码，并且错误消失了。因此，该特定功能一定有问题。我仍然不明白为什么runApp() 方法有效而服务器却没有。明天我会尝试更多的东西并更新问题。
根据您的错误消息，错误来自 cluster_som_h 函数，因此它肯定是相关的。

标签： r shiny gpu

【解决方案1】：

在做了一些（基本）研究后，我发现了发生了什么。我只在我的 Ubuntu 用户中安装了 CUDA，所以我必须更改文件 /etc/shiny-server/shiny-server.conf 的第一行，以便用户是正确的：

# Instruct Shiny Server to run applications as the user "my_name"
run_as my_name;

【讨论】：