OS X 包安装依赖 gfortran-4.8

Question

我正在使用 R 的 OS X 开发版

R Under development (unstable) (2014-05-27 r65787)
Platform: x86_64-apple-darwin13.1.0 (64-bit)

使用 GNU Fortran (GCC) 4.2.3（来自 Simon's site）和 Xcode 命令行工具的 5.1.1 版。

从源代码构建时，我收到如下错误：

gfortran-4.8   -fPIC  -g -O2  -c altmov.f -o altmov.o
make: gfortran-4.8: No such file or directory

我不确定在这里做什么。我可以为我拥有的版本创建一个别名，但我不确定它是否真的需要 4.8。

谢谢，

最大

Answer 1

在终端输入这两行，直接引用：

curl -O http://r.research.att.com/libs/gfortran-4.8.2-darwin13.tar.bz2
sudo tar fvxj gfortran-4.8.2-darwin13.tar.bz2 -C /

它将为您下载 Mavericks 的 gfortran（目前您的系统中缺少该文件）并将其安装到您的系统中。至少，这为我解决了同样的问题

（我正在运行 2011 年末的 MacPro，小牛队）。

Answer 2

编辑：我现在认为最好使用 Homebrew 来完成：

brew reinstall gcc48 --with-fortran

虽然我认为下面的过程会起作用，但它并不那么干净。但是，我仍然建议配置 ~/.R/Makevars，如下所述。

以@TheBigMike 的回答为基础，我使用以下过程将 gfortran-4.8 与 homebrew 一起安装，然后配置 R 以选择此 fortran 编译器。

首先，下载并解压gfortran 4.8：

su admin
curl -O http://r.research.att.com/libs/gfortran-4.8.2-darwin13.tar.bz2
mkdir /tmp/gfortran
tar fvxz gfortran-4.8.2-darwin13.tar.bz2 -C /tmp/gfortran

删除干扰自制程序的gfortran文件别名：

rm /tmp/gfortran/usr/local/bin/gfortran

安装 gfortran 4.8

cp -r /tmp/gfortran/usr/local/ /usr/local

要告诉 R 使用 gfortran 4.8，请创建一个名为 ~/.R/Makevars 的文件：

mkdir -p ~/.R
touch ~/.R/Makevars

将以下内容放入~/.R/Makevars：

FLIBS=""
F77="gfortran-4.8"
FC="gfortran-4.8"

现在重新启动 R。一旦 R 重新启动，任何依赖于 fortran 4.8 的包现在都应该可以工作了。自制软件应该不受干扰。

Answer 3

我遇到了同样的问题，尽管是在 R Studio 上。 以下对我有用，尽管，我不得不重新安装我所有的 R 包（注意：重新安装需要一段时间，看起来有很多事情正在进行，不确定这些是否是适当的步骤，使用风险自负）：

下载最新的 R Studio 版本，然后在终端中执行以下操作： brew install gcc brew update && brew reinstall r brew link --overwrite r

Answer 4

这在Rcpp FAQ，第 2.16 节中有很好的解释。基本上您需要安装 gfortran（homebrew install gcc 或其他方式），然后修改 Makeconf 以将 FLIBS 指向相关的 fortran 库。

这些是对我有用的步骤：

1. 通过自制软件安装 gcc48

2. 确保 gfortran 和 gfortran-4.8 指向新安装的版本。

3. 注释/Library/Frameworks/R.framework/Resources/etc/Makeconf 中的FLIBS 变量。

第 3 步是最重要的一步，因为它旨在与按照@TheBigMike 建议的方式安装的 gfortran 一起使用，即通过下载和解压缩存档 gfortran-4.8.2-darwin13.tar.bz2。

Answer 5

以下内容在 OSX High Sierra 和 RStudio 1.1.423 上对我有用：

1. 通过 Homebrew 安装 gcc/gfortran：brew install gcc
2. 编辑/Library/Frameworks/R.framework/Resources/etc/Makeconf 并将gfortran-4.8 的所有实例替换为gfortran
3. 还将FLIBS = -L/usr/local/lib/gcc/x86_64-apple-darwin13.0.0/4.8.2 替换为FLIBS = -L/usr/local/lib/gcc/7/ -lgfortran -lquadmath -lm。
4. 重新尝试安装软件包。

Answer 6

1. 通过 Homebrew 安装 gcc/gfortran：brew install gcc
2. 确保您不会自动替换它：/Library/Frameworks/R.framework/Resources/etc/Makeconf 并用 gfortran 替换所有 gfortran-4.8（或任何数量）实例
3. 将FLIBS = -L/usr/local/gfortran/lib/gcc/x86_64-apple-darwin15/6.1.0 -L/usr/local/gfortran/lib -lgfortran -lquadmath -lm 替换为 FLIBS = -L/usr/local/lib/gcc/7/ -lgfortran -lquadmath -lm
4. 为我重新安装包是 robustbase，这是 fpc 库所需的

Answer 7

遇到了同样的问题，在 R cran 站点 (https://cran.ism.ac.jp/) 中找到了一条声明 在最新的 OSX（例如 High Sierra）中，一些必要的库未包含在内，必须安装这些库。该页面友好地解释了这一点，引用了

重要提示：此版本使用 Clang 6.0.0 和 GNU Fortran 6.1，两者都没有 其中由 Apple 提供。如果你想从 源，您将需要下载并安装这些工具 - 请参阅 tools目录。

我通过应用以下两个包解决了问题（缺少 gfortran 等），here.

1. clang-6.0.0.pkg（OS X 10.11+，签名，64 位） MD5 哈希：c29700c4e7b2914073ef7e741eb105bc （约 418Mb）
2. gfortran-6.1.pkg（OS X 10.11+，签名，64 位） MD5 哈希：201026216e8b373d9cd2efc0cc474bb8 （约 73Mb）

Answer 8

RStudio 的更新版本（版本 0.98.1091）似乎解决了这个问题。

Answer 9

确保 R 已更新到 >= 4.0 版本（对于以前的版本，这可能会有所帮助：https://cran.ism.ac.jp/bin/macosx/tools/）

下载并安装此处找到的 GNU fortran 编译器：https://mac.r-project.org/tools/

确保将 /usr/local/gfortran/bin 添加到 PATH 以使用此编译器。这可以做到，例如由

export PATH=$PATH:/usr/local/gfortran/bin

Answer 10

This answer by thebigmike 建议：

在终端输入这两行，直接引用：

curl -O http://r.research.att.com/libs/gfortran-4.8.2-darwin13.tar.bz2
sudo tar fvxj gfortran-4.8.2-darwin13.tar.bz2 -C /

但是

curl -OL http://r.research.att.com/libs/gfortran-4.8.2-darwin13.tar.bz2

帮我解决问题！

Answer 11

通过homebrew安装gcc给我gfortran：

brew install gcc

然后：

$which gfortran
/usr/local/bin/gfortran