R中的颜色相关条形图

Question

我对这里的这个有点不知所措。我有以下代码生成两个大小相同的矩阵：

MAX<-100
m<-5
n<-40

success<-matrix(runif(m*n,0,1),m,n)
samples<-floor(MAX*matrix(runif(m*n),m))+1

success 矩阵是成功的概率，samples 矩阵是在每种情况下观察到的相应样本数。我想制作一个条形图，将每一列与由success 矩阵确定的高度组合在一起。每个条形的颜色必须是与观察次数相对应的颜色（从1toMAX 缩放）（例如，小样本会更红，而高样本可能会是绿色)。

有什么想法吗？

Answer 1

这是ggplot 的示例。首先，用melt把数据变成长格式：

library(reshape2)
data.long <- cbind(melt(success), melt(samples)[3])
names(data.long) <- c("group", "x", "success", "count")
head(data.long)
#   group x    success count
# 1     1 1 0.48513473     8
# 2     2 1 0.56583802    58
# 3     3 1 0.34541582    40
# 4     4 1 0.55829073    64
# 5     5 1 0.06455401    37
# 6     1 2 0.88928606    78

注意melt 将以相同的方式遍历两个矩阵的行/列组合，因此我们可以只cbind 生成熔融数据帧。第二个melt 之后的[3] 是这样我们不会得到重复的组和x 值（我们只需要第二个melt 的计数）。现在让ggplot 做它的事情：

library(ggplot2)
ggplot(data.long, aes(x=x, y=success, group=group, fill=count)) +
  geom_bar(position="stack", stat="identity") + 
  scale_fill_gradient2(
    low="red", mid="yellow", high="green", 
    midpoint=mean(data.long$count)
  )

Answer 2

使用@BrodieG 的data.long，这个情节可能更容易解释一些。

library(ggplot2)
library(RColorBrewer)   # for brewer.pal(...)
ggplot(data.long) +
  geom_bar(aes(x=x, y=success, fill=count),colour="grey70",stat="identity")+
  scale_fill_gradientn(colours=brewer.pal(9,"RdYlGn")) +
  facet_grid(group~.)

请注意，实际值可能不同，因为您在样本中使用了随机数。将来，考虑使用set.seed(n) 生成可重现的随机样本。

编辑 [回复 OP 的评论]

您会得到 x 轴和构面标签的数字，因为您从矩阵而不是 data.frames 开始。因此，将success 和samples 转换为data.frames，将列名设置为您的测试名称，并在group 列前添加“因素列表”。现在转换为长格式有点不同，因为第一列有组名。

library(reshape2)
set.seed(1)
success <- data.frame(matrix(runif(m*n,0,1),m,n))
success <- cbind(group=rep(paste("Factor",1:nrow(success),sep=".")),success)
samples <- data.frame(floor(MAX*matrix(runif(m*n),m))+1)
samples <- cbind(group=success$group,samples)
data.long <- cbind(melt(success,id=1), melt(samples, id=1)[3])
names(data.long) <- c("group", "x", "success", "count")

设置阈值颜色的一种方法是向data.long 添加一列并将其用于fill：

threshold <- 25
data.long$fill <- with(data.long,ifelse(count>threshold,max(count),count))

把它们放在一起：

library(ggplot2)
library(RColorBrewer)
ggplot(data.long) +
  geom_bar(aes(x=x, y=success, fill=fill),colour="grey70",stat="identity")+
  scale_fill_gradientn(colours=brewer.pal(9,"RdYlGn")) +
  facet_grid(group~.)+
  theme(axis.text.x=element_text(angle=-90,hjust=0,vjust=0.4))

最后，当您有 x 轴标签的名称时，它们往往会卡在一起，所以我将名称旋转了 -90°。