如何在 igraph 中缩放边缘颜色？

Question

我正在用 igraph 绘制图表，我希望边缘根据它们所代表的连接强度具有不同的颜色。我可以设置颜色，但无法将它们与连接强度的值联系起来。

我当前的代码如下：

library(igraph)
library(raster)
library(ggplot2)
library(statnet)
library(qgraph)
connectivityMatrix <- as.matrix(read.table(file=myFile,sep='')))
coordinates <- as.matrix(read.table(file=coordinatesFile))
connectivityMatrix<-connectivityMatrix[1:833,1:833]
CM<-connectivityMatrix[subsetX,subsetY]
COORD<-coordinates[subset,]

net <- as.network(CM, matrix.type = "adjacency", directed = TRUE)

minX<-min(coordinates[,1])
maxX<-max(coordinates[,1])
minY<-min(coordinates[,2])
maxY<-max(coordinates[,2])


p<-plot(net, coord=COORD,xlim=c(minX,maxX),ylim=c(minY,maxY),edge.col=c('red','yellow','cyan','blue'),object.scale=0.005, vertex.col='dimgrey',edge.lwd=1) 

在上面的代码中，有没有办法将使用 edge.col 指定的颜色与它们在 CM 中表示的值范围相关联？这样，对应于连接矩阵中值 0-x1 的边将以红色绘制，x1-x2 绘制为“黄色”，....和 ​​x3-x4 绘制为蓝色。 x1, x2, x3 是范围限制，x4 是 CM 的最大值。

有人知道怎么做吗？是否可以添加一个图例，包括边缘的颜色和它们所代表的值范围？

Answer 1

您可以使用colorRamp 作为缩放函数。例如，请参见下面的代码。

library(igraph)
#Create a random weighted graph
g = erdos.renyi.game(10,0.5)
E(g)$weight = runif(ecount(g))

#Color scaling function
c_scale <- colorRamp(c('red','yellow','cyan','blue'))

#Applying the color scale to edge weights.
#rgb method is to convert colors to a character vector.
E(g)$color = apply(c_scale(E(g)$weight), 1, function(x) rgb(x[1]/255,x[2]/255,x[3]/255) )

#plot using igraph
plot.igraph(g)