R包开发：用另一个包中的函数覆盖一个包中的函数？答案

【问题标题】：R Package development: overriding a function from one package with a function from another?R包开发：用另一个包中的函数覆盖一个包中的函数？
【发布时间】：2014-03-22 04:37:38
【问题描述】：

我目前正在开发两个包，下面是一个简化的我的问题的版本：

在包 A 中，我有一些函数（比如“sum_twice”），它调用包内的另一个函数（比如“slow_sum”）。但是，在包 B 中，我编写了另一个函数（比如“fast_sum”），其中我希望替换包 A 中的慢速功能。

现在，我如何使用 “fast_sum”函数？

以下是此类函数的简化示例（仅用于说明）：

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##############
# Functions in package A

slow_sum <- function(x) {
sum_x <- 0
for(i in seq_along(x)) sum_x <- sum_x + x[i]
 sum_x
}

sum_twice <- function(x) {
x2 <- rep(x,2)
slow_sum(x2)
}

##############
# A function in package B
fast_sum <- function(x) { sum(x) }

############################

如果我只执行slow_sum <- fast_sum 之类的操作，这将不起作用，因为“sum_twice”使用了 NAMESPACE 中的“slow_sum” 包A。

我在加载包“B”时尝试使用以下函数：

assignInNamespace(x = "slow_sum", value = B:::fast_sum, ns = "A")

这确实有效，但是，它使 CRAN 检查返回一个注释我怎么不应该使用“:::”，以及使用assignInNamespace的警告（因为它应该不是很安全）。

但是，我不知所措。什么是让“sum_twice”使用“fast_sum”而不是 “慢和”？

感谢您的任何反馈或建议，带着敬意，塔尔

p.s：这是一个双重帖子from here.

UDPATE：这个问题的动机

我正在开发两个包，一个完全基于 R 并且工作正常（但有点慢），它是 dendextend（现在在 CRAN 上）。另一个旨在通过使用 Rcpp（这是 github 上的 dendextendRcpp）来加速第一个包。第二个包通过覆盖第一个包使用的一些基本功能来加速第一个包。但是为了让第一个包中的高级函数使用第二个包中的较低函数，我必须使用 assignInNamespace 导致 CRAN 抛出警告+注意，最终导致包被 CRAN 拒绝（直到这些警告将避免）。

问题是我不知道如何解决这个问题。我能想到的唯一解决方案是将两个包混合在一起（使其更难维护，并且会自动要求使用该包的人需要更大的依赖结构）。另一种选择是将更高级别的函数从dendextend复制粘贴到dendextendRcpp，从而让它们屏蔽其他函数。但我发现这不太优雅（因为这意味着我需要复制粘贴许多函数，从而强制进行更多的双重代码维护）。还有其他想法吗？谢谢。

【问题讨论】：

即使您确实找到了这样做的方法，CRAN 也会返回某种警告或错误：否则您的包将能够更改任何其他已加载包的底层功能。
你为什么要这样做？
Hadley - 我已经更新了这个问题的动机。感谢您的关注。
Scott，我们的想法是找到一种 CRAN 会尊重的方式。
既然你自己维护这两个包：为什么不添加开关到dextended，如果它们可用的话，用快速函数覆盖慢速函数，例如，命名基于Rcpp的包foo_rcpp中的所有快速函数和然后有类似 if(require(dextendedRcpp)) foo

标签： r package

【解决方案1】：

我最终使用的解决方案（感谢 Uwe 和 Kurt）是使用“本地”来创建带有包选项的本地化环境。如果你好奇，这个函数叫做“dendextend_options”，在这里： https://github.com/talgalili/dendextend/blob/master/R/zzz.r

这是一个使用示例：

dendextend_options <- local({
   options <- list()
   function(option, value) {
      #          ellipsis <- list(...)         
      if(missing(option)) return(options)

      if(missing(value))
         options[[option]]
      else options[[option]] <<- value
   }
})
 dendextend_options("a")
 dendextend_options("a", 1)
 dendextend_options("a")
 dendextend_options("a", NULL)
 dendextend_options("a")
 dendextend_options()

【讨论】：

【解决方案2】：

我们可以把它放在sum_twice:

my_sum_ch <- getOption("my_sum", if ("package:fastpkg" %in% search()) 
                       "fast_sum" else "slow_sum")
my_sum <- match.fun(my_sum_ch)

如果设置了"my_sum" 选项，则将使用该版本的my_sum，否则它将根据是否已加载 fastpkg 来做出决定。

【讨论】：