一个很简单的问题：
我正在使用文本编辑器编写和运行我的 R 脚本，以使其可重现，正如 SO 的几位成员所建议的那样。
这种方法对我来说效果很好，但有时我必须执行昂贵的操作（例如 read.csv 或 reshape 在 2M 行数据库上），我最好在 R 环境中缓存而不是重新运行每次我运行脚本时（这通常是我进行和测试新代码行的多次）。
有没有办法缓存脚本在某一点之前所做的事情，这样每次我只运行增量代码行（就像我通过交互运行 R 所做的那样）？
谢谢。
【问题讨论】：
我在使用 Sweave 时也想这样做。我建议将所有昂贵的功能（加载和重塑数据）放在代码的开头。运行该代码，然后保存工作区。然后，注释掉昂贵的函数，并使用load() 加载工作区文件。当然，如果您对工作区文件进行不必要的更改，这会带来更大的风险，但在这种情况下，如果您想从头开始，您仍然可以在 cmets 中使用代码。
【讨论】：
一些简单的方法可以通过一些组合来实现
exists("foo") 测试变量是否存在，否则重新加载或重新计算file.info("foo.Rd")$ctime 与Sys.time() 进行比较，看看它是否比您可以加载的给定时间更新，否则重新计算。CRAN 上还有一些缓存包可能有用。
【讨论】：
没有过多的细节，我通常采用以下三种方法之一：
assign 为我执行过程中的每个重要对象分配一个唯一名称。然后在每个函数的顶部包含一个if(exists(...)) get(...) 以获取值或重新计算它。 （与 Dirk 的建议相同）cacheSweave 与我的Sweave 文档一起使用。这为您完成了缓存计算并自动检索它们的所有工作。使用起来真的很简单：只需使用 cacheSweave 驱动程序并将这个标志添加到每个块：<<..., cache=true>>=
save 和load 来拯救环境，再次确保所有名称都是唯一的。【讨论】：
## load the file from disk only if it
## hasn't already been read into a variable
if(!(exists("mytable")){
mytable=read.csv(...)
}
编辑：修正错字 - 感谢 Dirk。
【讨论】：
mytable 必须以字符串形式给出。正如发布的那样，代码不起作用。
在您做了一些您发现成本高昂的事情后，将该高成本步骤的结果保存在 R 数据文件中。
例如，如果您将 csv 加载到名为 myVeryLargeDataFrame 的数据框中，然后将该数据框的摘要统计信息创建到名为 VLDFSummary 的 df 中，那么您可以这样做：
save(c(myVeryLargeDataFrame, VLDFSummary),
file="~/myProject/cachedData/VLDF.RData",
compress="bzip2")
这里的压缩选项是可选的，如果你想压缩正在写入磁盘的文件，可以使用它。有关详细信息，请参阅?save。
保存 RData 文件后，您可以注释掉缓慢的数据加载和摘要步骤以及保存步骤，然后像这样简单地加载数据：
load("~/myProject/cachedData/VLDF.RData")
此答案不依赖于编辑器。它适用于 Emacs、TextMate 等。您可以保存到计算机上的任何位置。但是，我建议将慢速代码保留在您的 R 脚本文件中，这样您就可以始终知道您的 RData 文件来自何处，并能够在需要时从源数据重新创建它。
【讨论】：
（迟来的答案，但我在这个问题发布一年后开始使用 SO。）
这是记忆化（或记忆化）背后的基本思想。我有一长串建议，尤其是memoise 和R.cache 包，in this query。
您还可以利用检查点，这也是同一列表的一部分。
我认为您的用例反映了我的第二个用例：“巨大计算的记忆”。 :)
我使用的另一个技巧是做很多内存映射文件，我经常使用这些文件来存储数据。这样做的好处是多个 R 实例可以访问共享数据，所以我可以让很多实例解决同一个问题。
【讨论】：
'mustashe' 包非常适合解决此类问题。除了缓存结果外，它还可以包含指向依赖项的链接，以便在依赖项发生变化时重新运行代码。
披露：我编写了这个工具（'mustashe'），尽管我没有从使用它的其他人那里获得任何经济收益。我为自己的工作做了这个确切的目的，并希望与他人分享。
下面是一个简单的例子。 foo 变量被创建并“隐藏”以备后用。如果重新运行相同的代码，则从磁盘加载foo 变量并添加到全局环境中。
library(mustashe)
stash("foo", {
foo <- some_long_running_opperation(1e3)
}
#> Stashing object.
该文档包含更复杂用例的其他示例，并详细说明了它的工作原理。
【讨论】：