“以下对象被'package：xxx'屏蔽”是什么意思？

Question

当我加载一个包时，我收到一条消息：

"The following object is masked from 'package:xxx'

例如，如果我加载testthat 然后assertive，我会得到以下信息：

library(testthat)
library(assertive)  
## Attaching package: ‘assertive’
## 
## The following objects are masked from ‘package:testthat’:
## 
##     has_names, is_false, is_less_than, is_null, is_true

这条消息是什么意思，我该如何防止它？

Answer 1

该消息意味着两个包都具有同名的功能。在这种特殊情况下，testthat 和 assertive 包包含五个同名函数。

当两个函数同名时，调用哪个函数？

R 将通过search 路径查找函数，并将使用它找到的第一个函数。

search()
 ##  [1] ".GlobalEnv"        "package:assertive" "package:testthat" 
 ##  [4] "tools:rstudio"     "package:stats"     "package:graphics" 
 ##  [7] "package:grDevices" "package:utils"     "package:datasets" 
 ## [10] "package:methods"   "Autoloads"         "package:base"

在这种情况下，由于assertive 是在testthat 之后加载的，它出现在搜索路径的前面，因此将使用该包中的函数。

is_true
## function (x, .xname = get_name_in_parent(x)) 
## {
##     x <- coerce_to(x, "logical", .xname)
##     call_and_name(function(x) {
##         ok <- x & !is.na(x)
##         set_cause(ok, ifelse(is.na(x), "missing", "false"))
##     }, x)
## }
<bytecode: 0x0000000004fc9f10>
<environment: namespace:assertive.base>

testthat 中的函数不能以通常的方式访问；也就是说，它们已被屏蔽。

如果我想使用其中一个被屏蔽的函数怎么办？

您可以在调用函数时显式提供包名称，使用双冒号运算符::。例如：

testthat::is_true
## function () 
## {
##     function(x) expect_true(x)
## }
## <environment: namespace:testthat>

如何隐藏消息？

如果您知道函数名称冲突，并且不想再看到它，您可以通过将 warn.conflicts = FALSE 传递给 library 来隐藏消息。

library(testthat)
library(assertive, warn.conflicts = FALSE)
# No output this time

或者，使用suppressPackageStartupMessages 隐藏消息：

library(testthat)
suppressPackageStartupMessages(library(assertive))
# Also no output

R 的启动过程对函数屏蔽的影响

如果您更改了 R 的某些启动配置选项（请参阅 ?Startup），您可能会遇到与您预期不同的功能屏蔽行为。 ?Startup 中列出的事情发生的确切顺序应该可以解决大多数谜团。

例如，那里的文档说：

请注意，当网站和用户配置文件的来源只有 基础包已加载，因此其他包中的对象需要 所指的例如utils::dump.frames 或显式加载 相关包。

这意味着当通过 .Rprofile 之类的文件加载第 3 方包时，如果您加载了R启动程序完成后的第三方包。

如何列出所有被屏蔽的函数？

首先，获取搜索路径上所有环境的字符向量。为方便起见，我们将使用自己的值命名此向量的每个元素。

library(dplyr)
envs <- search() %>% setNames(., .)

对于每个环境，获取导出的函数（和其他变量）。

fns <- lapply(envs, ls)

将其转换为数据框，以便与 d​​plyr 一起使用。

fns_by_env <- data_frame(
  env = rep.int(names(fns), lengths(fns)),
  fn  = unlist(fns)
)

查找对象多次出现的情况。

fns_by_env %>% 
  group_by(fn) %>% 
  tally() %>% 
  filter(n > 1) %>% 
  inner_join(fns_by_env)

要对此进行测试，请尝试加载一些已知冲突的包（例如，Hmisc、AnnotationDbi）。

如何防止名称冲突错误？

每当您尝试使用名称不明确的变量时，conflicted 包都会引发错误并提供有用的错误消息。

library(conflicted)
library(Hmisc)
units
## Error: units found in 2 packages. You must indicate which one you want with ::
##  * Hmisc::units
##  * base::units

Answer 2

我也有同样的问题。我用remove.packages("Package making this confusion") 避免它并且它有效。就我而言，我不需要第二个包，所以这不是一个好主意。