Foreach 循环仅针对第一组工作人员返回错误消息

Question

在我一直在处理的一个包中开始发生一些非常奇怪的事情。我正在使用带有 doparallel 后端的 foreach 循环来执行重复的随机游走，并在邻接矩阵上重新启动（下面的可重现示例）。

install.packages("Matrix")
install.packages("foreach")
devtools::install_github("https://github.com/DavisWeaver/crosstalkr")

library(foreach)

m <- replicate(1000, sample(x = c(0,1), size = 1000, replace = TRUE))
w <- Matrix::Matrix(m, sparse = TRUE)
w <- Matrix::t(Matrix::t(w)/Matrix::colSums(w)) #normalize based on the column sum.
seeds <- sample(1:nrow(w), size = 32)

每次迭代都应该执行一次随机游走并重新开始，并返回一个亲和度分数的数字向量（因此矩阵输入，一维向量输出）。我尝试在每次迭代中通过更简单的任务重现此错误，但我无法做到。此设置适用于 matrix::colSums(w) 和其他一些琐碎的任务。

为第一组工作人员中的每一个返回以下错误：“”。每次后续迭代都完全按预期执行，没有错误。所以当你运行下面的第一个 foreach 循环时，你会得到the following image.

当您使用相同的并行后端运行后续 foreach 循环时，每次迭代都会按预期执行，there are no error messages!

cl <- parallel::makeCluster(4)
doParallel::registerDoParallel(cl)

n = 8
null_dist <-
  foreach::foreach(i = 1:n, .errorhandling = 'pass') %dopar% {
    crosstalkr::sparseRWR(w, seed_proteins = seeds, norm = FALSE)[[1]]
  }

null_dist <-
  foreach::foreach(i = 1:n, .errorhandling = 'pass') %dopar% {
    crosstalkr::sparseRWR(w, seed_proteins = seeds, norm = FALSE)[[1]]
  }


parallel::stopCluster(cl)

我不知道从这里去哪里...我猜这与我如何设置并行后端有关？任何建议将不胜感激。

Answer 1

我不确定为什么会发生这种情况。但是，要解决此问题，您需要将.packages = "Matrix" 显式添加到foreach。

如果不指定.packages，nrow 不会产生正确的结果。

这是一个简化的例子

library(foreach)

w <- Matrix::Matrix()

您可以看到前四个值是错误的NULL。

cl <- parallel::makeCluster(4)
doParallel::registerDoParallel(cl)

null_dist <- foreach::foreach(i = seq_len(6)) %dopar% {
  nrow(w)
}

parallel::stopCluster(cl)

null_dist
#> [[1]]
#> NULL
#> 
#> [[2]]
#> NULL
#> 
#> [[3]]
#> NULL
#> 
#> [[4]]
#> NULL
#> 
#> [[5]]
#> [1] 1
#> 
#> [[6]]
#> [1] 1

添加.packages = "Matrix" 可以解决这个问题。

cl <- parallel::makeCluster(4)
doParallel::registerDoParallel(cl)

null_dist <- foreach::foreach(i = seq_len(6), .packages = "Matrix") %dopar% {
  nrow(w)
}

parallel::stopCluster(cl)

null_dist
#> [[1]]
#> [1] 1
#> 
#> [[2]]
#> [1] 1
#> 
#> [[3]]
#> [1] 1
#> 
#> [[4]]
#> [1] 1
#> 
#> [[5]]
#> [1] 1
#> 
#> [[6]]
#> [1] 1