【问题标题】:Loop through dataframe in R and measure time difference between two values循环遍历 R 中的数据帧并测量两个值之间的时间差
【发布时间】:2017-12-06 17:44:33
【问题描述】:

总结:我正在分析发生的刺激 (A&B) 与用户可能的反应之间的时间差。

数据集的结构如下:

    structure(list(User = c("005b98f3-5b1b-4d10-bdea-a55d012b2844",
"005b98f3-5b1b-4d10-bdea-a55d012b2844", "005b98f3-5b1b-4d10-bdea-a55d012b2844", 
"005b98f3-5b1b-4d10-bdea-a55d012b2844", "005b98f3-5b1b-4d10-bdea-a55d012b2844", 
"005b98f3-5b1b-4d10-bdea-a55d012b2844", "005b98f3-5b1b-4d10-bdea-a55d012b2844", 
"005b98f3-5b1b-4d10-bdea-a55d012b2844", "005b98f3-5b1b-4d10-bdea-a55d012b2844", 
"005b98f3-5b1b-4d10-bdea-a55d012b2844", "005b98f3-5b1b-4d10-bdea-a55d012b2844", 
"005b98f3-5b1b-4d10-bdea-a55d012b2844", "005b98f3-5b1b-4d10-bdea-a55d012b2844", 
"005b98f3-5b1b-4d10-bdea-a55d012b2844", "005b98f3-5b1b-4d10-bdea-a55d012b2844", 
"005b98f3-5b1b-4d10-bdea-a55d012b2844", "005b98f3-5b1b-4d10-bdea-a55d012b2844", 
"005b98f3-5b1b-4d10-bdea-a55d012b2844", "005b98f3-5b1b-4d10-bdea-a55d012b2844", 
"005b98f3-5b1b-4d10-bdea-a55d012b2844"), Date = c("25.11.2015 13:59", 
"03.12.2015 09:32", "07.12.2015 08:18", "08.12.2015 19:40", "08.12.2015 19:40", 
"22.12.2015 08:52", "22.12.2015 08:50", "22.12.2015 15:42", "22.12.2015 20:46", 
"05.01.2016 11:33", "05.01.2016 11:35", "05.01.2016 13:22", "05.01.2016 13:21", 
"05.01.2016 13:22", "06.01.2016 09:18", "14.02.2016 22:47", "20.02.2016 21:27", 
"01.04.2016 13:52", "24.07.2016 07:03", "04.08.2016 08:25"), 
    Hour = c(1645L, 1833L, 1928L, 1963L, 1963L, 2288L, 2288L, 
    2295L, 2300L, 2627L, 2627L, 2629L, 2629L, 2629L, 2649L, 3598L, 
    3741L, 4717L, 7447L, 7712L), StimuliA = c(1L, 0L, 1L, 0L, 
    0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 
    0L), StimuliB = c(0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 
    1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L), Responses = c(0L, 
    1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 1L, 
    1L, 1L, 1L, 0L)), .Names = c("User", "Date", "Hour", "StimuliA", 
"StimuliB", "Responses"), row.names = c(NA, -20L), class = c("tbl_df", 
"tbl", "data.frame"))

关于数据的附加信息:数据表中的每一行都是一个事件日志,用户可以在其中感知特定刺激或执行操作(响应)。小时:从项目开始到事件发生时的“小时”。

目标:总体目标是测量刺激和反应之间的时间。 (如果有的话)我想为每个用户创建一个遍历数据集的循环,如果刺激的值为 1,它会检查以后是否有用户的响应并创建一个带有值的向量A 一个,B 一个。

问题: 我是否会使用 for 循环来执行此操作,该循环遍历每个用户并检查感知到的刺激,如果存在值 1,则检查相同的用户 ID 在最近的响应中是否具有值 1,然后比较 2 个日期?

子问题 // 我正在努力解决的问题

  1. 我实际上如何循环遍历每一行并检查它的条件语句,如果 TRUE 则执行命令? (如果别的?)。
  2. 然后我将如何作为命令保存该行中其他单元格的值?
  3. 然后告诉 R 查找相同用户 ID(按时间顺序)的最接近的响应并计算这 2 个值之间的时间差?
  4. 最终使用这些计算值创建一个向量

想要的结果:

Stimuli A c=(11253, 2122, 56969), Stimuli B c=(19512,107)

到目前为止,我自己编写的代码并不是很有帮助。我正在试验 for 循环和 if 语句,还有 ifelse 函数。

我是 R 的新手,但在 datacamp 上做了多个课程,但我仍然在努力将它应用到我自己的硕士论文工作中。感谢大家的帮助。

附加信息:

R version 3.4.0 (2017-04-21)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)

【问题讨论】:

  • 您的预期结果是什么?
  • @PLapointe 预期结果将是一个向量,其中包含刺激 A 和 B 的经过时间,直到在小时:分钟:秒内发生响应。 F.e 看到人们在感知刺激 A 后反应更快。
  • 我的意思是,使用您提供的数据,您想要的结果是什么。告诉我们您期望的向量。
  • 我们无法使用您的数据,因为刺激和反应不是针对同一用户的。
  • 这看起来像是 SQL 的工作。

标签: r loops time conditional


【解决方案1】:

SQL 语法应该能够为您提供答案,并且是查询此类表格数据的常规方法。 Data.Table 包使这种语法可以访问。

#import necessary library
library(data.table)

#instantiate data table
dt<-data.table(dt)

#convert date field to Date type
dt$Date <- as.POSIXct(dt$Date, format="%d.%m.%Y %H:%M")
#create another date field so as not to lose during join
dt$rollDate<-dt$Date

#create table with stimuliA and set key for sorting/joining purposes
stima.dt <- dt[StimuliA==1,.(User,rollDate,Date,Hour,StimuliA)]
setkey(stima.dt,User,rollDate)

#Same for stimuliB
stimb.dt <- dt[StimuliB==1,.(User,rollDate,Date,Hour,StimuliB)]
setkey(stimb.dt,User,rollDate)

#same for responses table
resp.dt <- dt[Responses==1,.(User,rollDate,Date,Hour,Responses)]
setkey(resp.dt,User,rollDate)

#Join stimuli A table to closes responses
stim.a<-resp.dt[stima.dt,roll=-Inf]

#calculate Hour differences
stim.a[,difftime(Date,i.Date,units="min")]

#Join stimuli B table to closes responses
stim.b<-resp.dt[stimb.dt,roll=-Inf]

#calculate Hour differences
stim.b[,difftime(Date,i.Date,units="min")]

【讨论】:

  • 我刚刚更新了数据集。现在它是一个用户感知多种刺激的例子。事件只有一列,因为在这种长格式中,每个事件要么是刺激,要么是响应
  • 感谢您对 SQL 语法的帮助。我在我的数据上使用了它,结果看起来不错,尽管我必须将它与上述方法的数据进行比较。使用 data.table 包的非常有趣的方法
【解决方案2】:

以下是使用dplyr 的方法。首先,您需要将 Date 列转换为 POSIXct 对象。然后,确保 Date 对象以arrange 排序。然后使用mutate 添加时差列。然后,您可以 filter 对于刺激 A 或 B 为 1 且后跟等于 1 的响应的行。

df$Date <- as.POSIXct(strptime(df$Date,"%d.%m.%Y %H:%M"))
df %>%
  arrange(User,Date)%>%
  mutate(difftime= difftime(lead(Date),Date, units = "mins") ) %>%
  group_by(User)%>%
  filter((StimuliA==1 | StimuliB==1) & lead(Responses)==1)

                                  User                Date  Hour StimuliA StimuliB Responses   difftime
                                 <chr>              <dttm> <int>    <int>    <int>     <int>     <time>
1 005b98f3-5b1b-4d10-bdea-a55d012b2844 2015-11-25 13:59:00  1645        1        0         0 11253 mins
2 005b98f3-5b1b-4d10-bdea-a55d012b2844 2015-12-07 08:18:00  1928        1        0         0  2122 mins
3 005b98f3-5b1b-4d10-bdea-a55d012b2844 2015-12-08 19:40:00  1963        0        1         0 19510 mins
4 005b98f3-5b1b-4d10-bdea-a55d012b2844 2016-01-05 11:35:00  2627        0        1         0   106 mins
5 005b98f3-5b1b-4d10-bdea-a55d012b2844 2016-01-06 09:18:00  2649        1        0         0 56969 mins

【讨论】:

  • 非常感谢您提供此解决方案!我在我的数据集上使用它并且它有效!我对 dplyr 包和 tibbles 的使用仍然很陌生。也许只是一个后续问题。在我使用你的代码之后,我将如何保存 tibble(在我的环境中)或者 R 将它存储在哪里?
  • @svnnf 你必须将它分配给一个对象。在上面的代码中,第 2 行应该是这样的代码:df_result &lt;- df %&gt;%
  • @P Lapointe 显然!工作。我将进一步研究 dplyr 语法。谢谢!
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