根据不同的比例对图的节点进行着色

Question

我想将不同的数据集绘制为 igraph 对象。它们可以如下所示：

library(igraph)
m<-matrix(data = c("a1_ghj",    "a1_phj",
                   "b2_ghj",    "c1_pht",
                   "c1_ght",    "a1_ghi",
                   "g5_pht",    "d2_phj",
                   "r5_phj",    "u6_pht"), ncol = 2)
))

g<-graph_from_edgelist(m)
g

它们节点的颜色应该由不同的比例指定，例如它们如下：

aa  qwr asd rty fgh vbn iop ert
ghj 1.8 -0.5    0.2 0.62    0.74    0.3 1.6
ght 2.5 -1  4.1 0.29    0.91    0.9 2
pht -3.5    3   -3.1    -0.9    0.62    -0.6    -9.2
phj -3.5    3   -1.8    -0.74   0.62    -0.7    -8.2
ghi 2.8 -2.5    4.4 1.19    0.88    0.5 3.7

在节点名称中，在_ 之后，显示该节点所属的组的名称。在比例表中，列显示比例的类型，行表示组的名称。 为了绘制这些图，我需要一个函数来将这些尺度在 -1 和 1 之间进行归一化，然后根据表中所选尺度类型的值为节点指定颜色。有人帮我解决这个问题吗？

Answer 1

首先，如The earlier question 您可以在顶点名称上使用sub 来获取后缀。

Suffixes = factor(sub(".*_", "", names(V(g))))

所以问题变成了如何使用不同的比例来选择颜色 为节点。您要求从 -1 缩放到 1，但实际上我已经缩放 0 到 1，因为这是生成的函数所期望的参数类型 通过colorRamp。

您的缩放数据

RawScales = read.table(text="aa  qwr asd rty fgh vbn iop ert
ghj 1.8  -0.5    0.2   0.62    0.74    0.3     1.6
ght 2.5    -1    4.1   0.29    0.91    0.9       2
pht -3.5    3   -3.1   -0.9    0.62    -0.6   -9.2
phj -3.5    3   -1.8   -0.74   0.62    -0.7   -8.2
ghi 2.8  -2.5    4.4    1.19    0.88    0.5    3.7",
header=TRUE)

我将同时使用qwr 和rty 标度作为示例。

在 0 和 1 之间缩放。

qwr_Scaled = (RawScales$qwr - min(RawScales$qwr)) / 
    (max(RawScales$qwr) - min(RawScales$qwr)) 

rty_Scaled = (RawScales$rty - min(RawScales$rty)) / 
    (max(RawScales$rty) - min(RawScales$rty)) 

设置一个函数来创建色阶。注：橙色为最小值，红色为最大值。

Color = colorRamp(c("orange", "yellow", "white",  "pink", "red"))

使用该函数为节点创建一个颜色向量。

ColVals_qwr = rgb(Color(qwr_Scaled), maxColorValue=255)
names(ColVals_qwr) = RawScales$aa

ColVals_rty = rgb(Color(rty_Scaled), maxColorValue=255)
names(ColVals_rty) = RawScales$aa

现在使用色标绘图。我添加了节点的显式布局，以便这两个图具有可比性。

par(mfrow=c(1,2), mar=c(5, 1,3,1))
LO = layout_with_fr(g)
plot(g, vertex.color=ColVals_qwr[Suffixes], frame=TRUE)
plot(g, vertex.color=ColVals_rty[Suffixes], frame=TRUE)