在特定节点合并两个树状图答案

【问题标题】：merging two dendrograms at a specific node在特定节点合并两个树状图
【发布时间】：2012-07-28 00:33:48
【问题描述】：

我愿意：

移除一个子树，然后将一个新的子树合并到原始树状图中，使其与被移除的位置相同。
或用另一个子树替换一个子树。

我知道merge() 可以合并顶部的两个树状图。它是否也在指定节点合并它。如果有怎么办？如果没有，是否有其他方法可以做到这一点？

我知道cut() 将树状图切割到特定高度或特定数量的节点。但是如何让它只删除一个特定的子树呢？

子树的规范将是其中第一个节点的属性。比如attr(n,"attribute")== something，可以通过dendrapply()完成。

这是如何制作树状图的示例代码。

library("stats")
library("fastcluster")

x=matrix(c(1:20),ncol=4)
y=matrix(c(21:40),ncol=4)

#creating hclusters
xcl=hclust.vector(x)
ycl=hclust.vector(y)

#converting to dendrograms
xdend=as.dendrogram(xcl)
ydend=as.dendrogram(ycl)

# merging two dendrograms at the top
zdend=merge(xdend,ydend)

- 注意：我发现了如何通过以下方式替换子树。

 merging <- function(n,subtree){
    if (attr(n,"members")==2){
    treeMerged2<<- merge(n,subtree)}}


     D=rbind(
    + c(1,1,1,1,1),
    + c(1,2,1,1,1),
    + c(2,2,2,2,2),
    + c(2,2,2,2,1),
    + c(3,3,3,3,3),
    + c(3,3,3,3,2))

Ddend=as.dendrogram(hclust.vector(D))

    tr=dendrapply(Ddend,merging, xdend)

问题：

1) 它替换了它的姊妹子树而不是想要的那个。

2) 原始树没有改变。

3) 创建的新树“treeMerged2”只有添加的子树和姊妹子树，没有树的其余部分。

问题：

如何使输出成为包含新子树的原始树？

谢谢。

【问题讨论】：

标签： r dendrogram dendextend

【解决方案1】：

您可以使用 dendextend 包中的 prune 函数，该函数专为此类事情而设计。（看?prune）。修剪后，您可以使用merge 函数。

如果您需要替换树的特定子部分中的树，我相信目前使用通用功能是不可能的。您可以使用嵌套[[ ]] 手动添加子树，但请注意您将获得的属性将不再正确（尤其是成员数，可能还有高度）。因此，您需要更认真地考虑这一点才能普遍解决此问题（如果您能够解决它，请提交一个补丁来dendextend，或者只是通过电子邮件发送给我：tal.galili@gmail.com）

【讨论】：