使用 d3.js 强制导向布局的 graphml 文件答案

【问题标题】：using a graphml file for d3.js force-directed layout使用 d3.js 强制导向布局的 graphml 文件
【发布时间】：2012-10-21 00:10:40
【问题描述】：

如何在 d3.js 中使用 graphml 文件？ [我想画一个力有向图]

将文件转换为 .json 是否更简单？如何？一直没找到转换器（我找到了python转换器，但我不是python用户）
可以直接使用graphml文件吗？可能与 d3.xml 一起使用？

注意： graphml 是这样的

<graph id="G" edgedefault="directed">
<node id="n0">
  <data key="v_name">JohnMaynardKe...</data>
  <data key="v_label">John Maynard Ke...</data>
  <data key="v_size">4</data>
  <data key="v_label.cex">0.3</data>
  <data key="v_frame.color">#ffffff00</data>
  <data key="v_color">#54FF00CC</data>
</node>
<node id="n1">
  <data key="v_name">JosephA.Schum...</data>
  <data key="v_label">Joseph A. Schum...</data>
  <data key="v_size">4</data>
  <data key="v_label.cex">0.3</data>
  <data key="v_frame.color">#ffffff00</data>
  <data key="v_color">#54FF00CC</data>
</node>
<edge source="n0" target="n1">
  <data key="e_nombre">2</data>
  <data key="e_width">2</data>
  <data key="e_arrow.size">0</data>
  <data key="e_color">#00000021</data>
</edge>
<edge source="n0" target="n7">
  <data key="e_nombre">2</data>
  <data key="e_width">2</data>
  <data key="e_arrow.size">0</data>
  <data key="e_color">#00000021</data>
</edge>

....

【问题讨论】：

标签： xml json d3.js graphml force-layout

【解决方案1】：

我会建议您将您的 graphml 文件转换为 json 文件。我遇到了同样的问题，下面是我如何使用 python 和 networkx 库在 json 中转换一个 graphml 文件：

import networkx as nx
import json
from networkx.readwrite import json_graph
import re

G=nx.read_graphml('YourFile.graphml', unicode)
data = json_graph.node_link_data(G)

for node in data['nodes']:
  str=node['id']
  node['id']=[int(s) for s in str.split("n") if s.isdigit()][0]

with open('YourFile.json', 'w') as f:
  json.dump(data, f, indent=4)

代码中的 for 循环将您的节点 ID 转换为数字。这非常重要，因为 json 最终文件中的源和目标已经是数字（不是字符）。

【讨论】：

【解决方案2】：

继@fccoelho 之后，Anders Eriksen (anderser) 整理了一个使用 Python 将GraphML XML 转换为d3 JSON format 的示例，here (GitHub gist)

convert.py

Python 脚本利用了Python-louvain 和Networkx.github.io 库。

【讨论】：

【解决方案3】：

使用 Python 和 networkX，您可以阅读 graphml：http://networkx.lanl.gov/reference/generated/networkx.readwrite.graphml.read_graphml.html

然后以各种形式保存为 JSON： http://networkx.lanl.gov/reference/readwrite.json_graph.html

【讨论】：

【解决方案4】：

好的，我终于找到了将图形转换为符合 d3.js 的 .json 的方法 http://coulmont.com/blog/2012/11/03/reseau-d3js/ 这是通过 R 和 RJSONIO 库完成的（注解是法语）

library(RJSONIO) 
#creation de la partie qui renseigne les "nodes"
temp<-cbind(V(g2)$name,V(g2)$group)
colnames(temp)<-c("name","group")
js1<-toJSON(temp)
#creation de la partie qui renseigne les "liens"
write.graph(g2,"Desktop/edgelist.csv",format="edgelist")
edges<-read.csv("Desktop/edgelist.csv",sep=" ",header=F)
colnames(edges)<-c("source","target")
edges<-as.matrix(edges)
js2<-toJSON(edges)
#concatenation des deux parties
reseau<-paste('{"nodes":',js1,',"links":',js2,'}',sep="")
write(reseau,file="Desktop/reseau.json")

【讨论】：

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