无法使用 R 包 threejs 和 igraph 来可视化网络答案

【问题标题】：unable to use R package threejs and igraph to visualize network无法使用 R 包 threejs 和 igraph 来可视化网络
【发布时间】：2018-04-19 23:46:06
【问题描述】：

我正在使用 r 包 igraph 和 threejs 来可视化我的网络。这是一个显示我发现的问题的示例。

# Make a correlation matrix:
mat=cor(t(mtcars[,c(1,3:6)]))
# Keep only high correlations
mat[mat<0.995]=0 
# Make an Igraph object from this matrix:
net=graph_from_adjacency_matrix( mat, weighted=T, mode="undirected", diag=F)
graphjs(net)

我得到的是一张空白图片。我还尝试使用 igraph2graphjs 函数将 igraph 对象转换为 graphjs 友好对象。但是好像threejs包中没有这个功能了。下面是我得到的错误信息。

net.js <- threejs::igraph2graphjs(net)
graphjs(net.js)

Error: 'igraph2graphjs' is not an exported object from 'namespace:threejs'

一个后续问题是：我可以使用任何其他包来从 igraph 对象进行交互式可视化吗？

【问题讨论】：

我使用了你的第一段代码，它看起来不错。 link to tinypic
@link to tinypic 这很奇怪。我在我的 rstudio 查看器中什么也看不到。或在我的 r 笔记本中
实际上，上面的link to tynipic 是我得到的输出图像的实际链接，供您查看；）

标签： r three.js igraph

【解决方案1】：

graphjs 输出需要在外部查看器中呈现。

如果您在R 终端解释器中运行代码，它就像一个魅力。

不知何故RStudio 不会自动处理它。尝试在RStudio 的Viewer 面板中使用：在新窗口中显示 选项。它会在外部打开您的图表（例如在网络浏览器中）。

【讨论】：

没错，但它对工作流程来说不是很舒服。上面的答案应该会有所帮助。

【解决方案2】：

使用当前版本0.3.1，您可以将igraph 对象传递给graphjs 函数。在您设置顶点属性之前，问题仍然存在。

设置顶点属性size和color应该可以解决问题

g <- graph_from_data_frame(df)

V(g)$size <- 10
V(g)$color <- 'red'

graphjs(g)

【讨论】：