通过（*）星号将文件添加到for循环中的变量答案

【问题标题】：Add file by (*) star character to variable in for loop通过（*）星号将文件添加到for循环中的变量
【发布时间】：2021-01-15 17:53:06
【问题描述】：

我有一个文件夹结构，其中两个文件位于一个文件夹中。这些文件具有长名称，但由 R1 和 R2 区分。 请注意，我使用 for 循环在许多文件夹中运行此命令，但在此示例中保持简单。 我正在运行一个循环，我想知道如何正确调用带有 (*) 星号的文件以自动完成无需输入所有文件名。我的尝试如下：

#!/bin/bash

for item in Folder_Directory:
do
forward=$item/*R1*
reverse=$item/*R2*
bbmap.sh ref=reference.fna in1=$forward in2=$reverse outu=Unmapped.fasta
done

我得到的输出是一个错误，因为变量没有识别所需的文件：

错误：

align2.BBMap build=1 overwrite=true fastareadlen=500 ref=reference.fna 
in1=Folder_Dictory/*R1* in2=Folder_Dictory/*R2* outu=Folder_Dictory/Unmapped.fastq

在此示例中，我可以自动完成文件，但是，当我扩展此循环以包含不再理想的多个文件夹时。使用 (*) 字符自动完成是我的第一种方法，非常感谢任何其他建议或解决我的问题。

【问题讨论】：

标签： bash loops file variables

【解决方案1】：

问题在于，shell 看到 in1=Folder_Dictory/*R1* 并注意到没有与带有文字 in1= 前缀的 glob 匹配的文件，因此通配符根本没有得到扩展。

您可能希望在将通配符传递给命令之前对其进行评估，例如

for item in Folder_Directory:
do
  forward=$item/*R1*
  reverse=$item/*R2*
  bbmap.sh ref=reference.fna in1="$(echo $forward)" in2="$(echo $reverse)" outu=Unmapped.fasta
done

如果通配符扩展到多个文件，这当然仍然不稳定。

【讨论】：

这成功了，谢谢！关于是否有多个具有该扩展名的文件的要点，幸好在这种情况下不适用。感谢您的回复。

【解决方案2】：

如果您只想要 folder_structure 中的两个文件，那么我相信使用 find 搜索文件并根据您的要求分配到单独的变量中会很好...看不到使用for 在这里循环。

forward=$(find Folder_Directory -type f -name "*R1*")
reverse=$(find Folder_Directory -type f -name "*R2*")
bbmap.sh ref=reference.fna in1="$forward" in2="$reverse" outu=Unmapped.fasta

【讨论】：

【解决方案3】：

它是这样工作的：

test=f*
$ echo $test 
file

但是

$ echo "$test"
f*

和

test2=$test
$ echo "$test" $test2
f* file

$ echo "$test" "$test2"
f* f*

要使其工作，您必须执行以下操作：

test3="$(echo $test)"
$ echo "$test" "$test2" "$test3"
f* f* file

【讨论】：