knitr：在新代码块中添加到先前的情节

Question

我正在使用 R 的 knitr 包来生成将文本与嵌入式 R 绘图和输出相结合的 LaTeX 文档。

这样写是很常见的：

We plot y vs x in a scatter plot and add the least squares line:
<<scatterplot>>=
plot(x, y)
fit <- lm(y~x)
abline(fit)
@

效果很好。 （对于那些不熟悉knitr 或Sweave 的人，这会在 LaTeX 逐字环境中回显代码和输出，并将完成的绘图作为图形添加到 LaTeX 文档中。）

但现在我想写更详细的逐行评论，例如：

First we plot y vs x with a scatterplot:
<<scatterplot>>=
plot(x, y)
@
Then we regress y on x and add the least squares line to the plot:
<<addline>>=
fit <- lm(y~x)
abline(fit)
@

问题是现在有两个knitr 代码块用于同一个情节。第二个代码块addline 失败，因为在第一个代码块scatterplot 中创建的图框对第二个代码块中的代码不可见。绘图窗口似乎不会从一个代码块持续到下一个代码块。

有什么方法可以告诉knit() 让plot() 创建的绘图窗口为第二个代码块保持活动状态？

如果这不可能，我还能如何在添加到现有绘图的代码行上实现 LaTeX 样式的注释？

一天后

我现在可以看到之前已经问过基本上相同的问题，请参阅： How to build a layered plot step by step using grid in knitr? 从 2013 年开始 Splitting a plot call over multiple chunks 从 2016 年开始。 2013 年的另一个问题也非常相似： How to add elements to a plot using a knitr chunk without original markdown output?

Answer 1

您可以设置knitr::opts_knit$set(global.device = TRUE)，这意味着所有代码块共享同一个全局图形设备。一个完整的例子：

\documentclass{article}

\begin{document}
<<setup, include=FALSE>>=
knitr::opts_knit$set(global.device = TRUE)
@

First we plot y vs x with a scatterplot:
<<scatterplot>>=
x = rnorm(10); y = rnorm(10)
plot(x, y)
@
Then we regression y and x and add the least square line to the plot:
<<addline>>=
fit <- lm(y~x)
abline(fit)
@

\end{document}

Answer 2

您可以通过添加块选项eval=FALSE 来显示代码而不对其进行评估。如果您只想显示添加了回归线的绘图的最终版本，则使用eval=FALSE 作为第一个plot(x,y)。

然后我们为回归线添加两个块：一个是渲染绘图所需的完整代码，但我们不想显示此代码，因为我们不想重复 plot(x,y) 调用。所以我们添加了第二个我们回显的块，以显示代码，但不评估。

---
output: pdf_document
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

```{r data}
set.seed(10)
x=rnorm(10)
y=rnorm(10)
```

First we plot y vs x with a scatterplot:

```{r scatterplot, eval=FALSE}
plot(x, y)
```

Then we regress y on x and add the least squares line to the plot:

```{r addline, eval=FALSE}
fit <- lm(y~x)
abline(fit)
```

```{r echo=FALSE}
plot(x,y)
fit <- lm(y~x)
abline(fit)
```

输出文档如下所示：