如何将多个文件读取到 R 中的单个表中？答案

【问题标题】：How to read.table() multiple files into a single table in R?如何将多个文件读取到 R 中的单个表中？
【发布时间】：2011-01-07 10:47:51
【问题描述】：

我有名为<InputData>.<TestName>.csv 的文件名，我想为每个测试制作图表。我能看到的最好方法是为每个 TestName 制作一个 R 表。每个测试都会产生相同的数据列，因此我想将每个测试的所有数据都提取到一个 R 数据表中，并为输入数据添加一个额外的列。

我想做：

read.tables(c("B217.SE.csv", "C10.SE.csv"), sep=",")

产生（例如）：

       Filename  col1   col2
1   B217.SE.csv     1      2
2   B217.SE.csv     2      4
3   C10.SE.csv      3      1
4   C10.SE.csv      4      5

这样做的正确方法是什么？一些我不知道的现有功能？用 R 语言用 for 循环写出来？

【问题讨论】：

标签： r import

【解决方案1】：

我无法在您的数据上对其进行测试，但您会希望使用像这样的 apply 类型函数：

data <- do.call("rbind", lapply(c("file1", "file2"), function(fn) 
           data.frame(Filename=fn, read.csv(fn)
))

或者，您可以使用plyr 来简化它。下面是它如何工作的粗略模拟（使用数据帧而不是文件）：

> df1 <- data.frame(c1=1:5, c2=rnorm(5))
> df2 <- data.frame(c1=3:7, c2=rnorm(5))

在这种情况下，我将使用get 而不是read.csv：

> data <- ldply(c("df1", "df2"), function(dn) data.frame(Filename=dn, get(dn)))
> data
  Filename c1          c2
1  df1  1 -0.15679732
2  df1  2 -0.19392102
3  df1  3  0.01369413
4  df1  4 -0.73942829
5  df1  5 -1.27522427
6  df2  3 -0.33944114
7  df2  4 -0.12509065
8  df2  5  0.11225053
9  df2  6  0.88460684
10 df2  7 -0.70710520

编辑

采纳 Marek 的建议，您可以覆盖或创建自己的函数：

read.tables <- function(file.names, ...) {
    require(plyr)
    ldply(file.names, function(fn) data.frame(Filename=fn, read.csv(fn, ...)))
}

data <- read.tables(c("filename1.csv", "filename2.csv"))

【讨论】：

全面泛化：read.tables <- function(files, ...) ldply(files, function(f) data.frame(Filename=f, read.csv(f,...)))（然后我们可以将参数传递给read.csv）
我通常会做类似names(file.names) <- basename(file.names); ldply(file.names, read.csv) 之类的操作 - 然后你就不需要自己添加文件名列了。

【解决方案2】：

试试这个：

## take files.
files <- list.files(pattern=".csv")
## read data using loop
DF <- NULL
for (f in files) {
   dat <- read.csv(f, header=T, sep="\t", na.strings="", colClasses="character")
   DF <- rbind(DF, dat)
}

【讨论】：

为了按文件名跟踪数据，我热衷于从f 变量中获取名称。我使用tools 包来获取使用file_path_sans_ext 的文件名。唯一需要注意的是，它使用向量 col/row id（维度）输出。我怎样才能只得到名字？