R中的read.gct函数。哪个包将支持R中的函数read.gct（“文件路径”）。如何在R中读取gct文件答案

【问题标题】：read.gct function in R. which package will support the function read.gct("file path") in R. How to read gct file in RR中的read.gct函数。哪个包将支持R中的函数read.gct（“文件路径”）。如何在R中读取gct文件
【发布时间】：2021-12-19 18:23:34
【问题描述】：

我有一个 gct 文件，我想在 R 中读取它以进行基因表达分析。但是 read.gct("file path") 没有被识别。我需要一个支持该功能的包吗？如果是，那么这个包叫什么。谢谢

【问题讨论】：

看起来您可能需要CePa 包。如果 GCT 文件是纯文本文件，您还可以使用 base R 的文件读取功能来读取它们。如果您可以发布文件内容的前几十行，将会很有帮助。

标签： r

【解决方案1】：

这个帖子有点老了。无论如何，另一种解决方案是使用 read.table() 而不需要任何其他库。 GCT 文件只是纯文本文件。只需跳过标题行：

dat.gct <- read.delim(file="GTEx_Analysis.gct.gz", skip=2)

【讨论】：

【解决方案2】：

R 包 Cmapr 在 github 上查看：https://github.com/cmap/cmapR/

【讨论】：