【发布时间】:2021-05-24 18:54:55
【问题描述】:
我想模拟递归地复制目录结构(如cp -r 或rsync -a),但只触摸复制的文件,即使所有复制的文件为空。
具体用例是针对Snakemake 管道; Snakemake 查找现有文件以确定是否重新运行管道步骤,我想让它相信这些步骤已经运行,同时避免完全下载所有文件。
【问题讨论】:
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是否会制作一个虚拟版本的管道,其中规则只是触及其输出,完成这项工作?
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我能看到的唯一方法是将
touch()添加到每个规则的output:部分?那太不切实际了。 -
不确定这对您的情况是否真的有帮助,但我在
snakemake --help中看到有一个--touch选项可以与--forceall结合使用。 -
我确实想到了,但
--touch选项“如果文件尚不存在则失败”
标签: linux file directory copy snakemake