使用 bioperl 从 GFF3 数据库中获取属性值

【问题标题】：Fetch attribute values from GFF3 database wiith bioperl使用 bioperl 从 GFF3 数据库中获取属性值
【发布时间】：2012-09-15 16:44:21
【问题描述】：

我已经使用 BioPerl 存储对象 (BIO:DB:SeqFeature:Store) 创建了一个 GFF3 数据库我自己根据 Blastx 结果创建了 GFF3 文件，并创建了一系列我自己的标签作为属性。现在我将从 BioPerl 为我创建的数据库中获取这些值......

我该怎么做？

请帮忙！非常感谢。

【问题讨论】：

标签： bioperl

【解决方案1】：

我发现包BIO::SeqFeature::Generic 中存在执行此操作的函数。最有用的是get_tag_values，它返回一个数组，其中每个值都包含在属性中，并在输入中给出了特定的标签！

用法：

my @values= $feature->get_tag_values('go');

再见！

【讨论】：