使用命令行选项从 R 中运行 Windows 可执行文件答案

【问题标题】：Running a Windows executable file from within R with command line options使用命令行选项从 R 中运行 Windows 可执行文件
【发布时间】：2013-04-21 05:47:21
【问题描述】：

我正在尝试使用调用从 R 中调用名为 AMDIS 的 Windows 程序

system("C:/NIST08/AMDIS32/AMDIS_32.exe /S C:/Users/Ento/Documents/GCMS/test_cataglyphis_iberica/queens/CI23_Q_120828_01.CDF")

为了对名为CI23_Q_120828_01.CDF 的文件进行分析（使用/S 开关指定），但似乎无论我尝试什么文件都没有正确加载，大概是因为选项不是过去了。有谁知道我可能做错了什么？

现在这个命令要么

什么都不做，
弹出AMDIS，但不加载我指定的文件
给我错误

警告信息：

运行命令'C:/NIST08/AMDIS32/AMDIS_32.exe /S C:/Users/Ento/Documents/GCMS/test_cataglyphis_iberica/queens/CI23_Q_120828_01.CDF' 状态为 65535

（我不知道是什么导致了同一命令的这些不同结果）

（在第 8 页 here 描述了 AMDIS 命令行选项）

干杯，
汤姆

编辑：
发现它与正斜杠和反斜杠有关 - 运行

system("C:\\NIST08\\AMDIS32\\AMDIS_32.EXE C:\\Users\\Ento\\Documents\\GCMS\\test_cataglyphis_iberica\\queens\\CI23_Q_120828_01.CDF /S /E")

似乎有效 - 谢谢大家的建议！

【问题讨论】：

你说/S，但你的电话中有/s。如果您打开终端并按原样键入命令，它会起作用吗？
改成了/S，可惜还是不行
但主要问题是如何正确传递命令行选项？
不过，直接在终端中测试该命令很重要，这样您就可以排除大量其他可能出错的事情；即，也许您已经正确传递了命令行选项，但由于其他原因而失败：错误的选项、错误的输入、错误的安装等。
嗯仍然没有运气，似乎在 Windows C:\NIST08\AMDIS32\AMDIS32$.EXE C:\Users\Ento\Documents\GCMS\test_cataglyphis_iberica\queens\CI23_Q_120828_01 的命令提示符下。 CDF /S /E 工作正常，但我似乎无法在 R 中完成这项工作......我认为它必须与正斜杠和反斜杠有关。有什么想法吗？

标签： r call external executable

【解决方案1】：

你听说过bquote、noquote、sQuote、dQuote、quoteenquote和Quotes，现在认识shQuote！！！ :-)

这个小函数调用用于格式化要传递给操作系统外壳的字符串。就我个人而言，我发现我可以卷入反斜杠逃离地狱，shQuote 救了我。只需像在您选择的命令行上一样键入字符串（'sh' 用于 Unix 类似 bash，csh 用于 C-shell 和 'cmd' 用于 Windows shell）和 shQuote将使用系统将其格式化为来自R 的呼叫：

shQuote("C:/NIST08/AMDIS32/AMDIS_32.exe /S C:/Users/Ento/Documents/GCMS/test_cataglyphis_iberica/queens/CI23_Q_120828_01.CDF" , type = "cmd" )
#[1] "\"C:/NIST08/AMDIS32/AMDIS_32.exe /S C:/Users/Ento/Documents/GCMS/test_cataglyphis_iberica/queens/CI23_Q_120828_01.CDF\""

更一般地，您可以像这样使用shQuote：

system( shQuote( "mystring" , type = c("cmd","sh") ) , ... )

【讨论】：

嗯仍然没有运气，似乎在 Windows C:\NIST08\AMDIS32\AMDIS32$.EXE C:\Users\Ento\Documents\GCMS\test_cataglyphis_iberica\queens\CI23_Q_120828_01 的命令提示符下。 CDF /S /E 工作正常，但我似乎无法在 R 中完成这项工作......我认为它必须与正斜杠和反斜杠有关。有什么想法吗？
我的第一个问题是直接在命令行中输入它是否按预期工作？如果是这样，我的第二个想法是它与权限有关吗？尝试以管理员权限运行 R（右键单击...属性...安全...运行方式...或类似的东西），看看是否有帮助。您在 R 中看到的正斜杠将作为反斜杠传递给命令行，所以这不是问题。
是 C:\NIST08\AMDIS32\AMDIS32$.EXE C:\Users\Ento\Documents\GCMS\test_cataglyphis_iberica\queens\CI23_Q_120828_01.CD‌F /S /E 直接在 Windows 命令中键入提示工作正常。也尝试了管理员权限，但仍然没有运气。如果我输入 R string=shQuote("C:/NIST08/AMDIS32/AMDIS32$.EXE C:/Users/Ento/Documents/GCMS/test_cataglyphis_iberica/queens/CI23_Q_120828_01.CDF /S /E", type = "cmd" ) 系统（字符串）什么也没发生...
好的，试试用引号括住第二个参数？此外，$ 符号在可执行文件的名称中是一件奇怪的事情。我想知道这是否会导致问题（但我明白你为什么在文档中这样做是为了从第三方程序调用它）
我有一个最后的想法 - 也许由于文件名作为参数传递给程序，也许你确实需要使用反斜杠，在这种情况下你可以传递它们通过像这样逃避它们来从 R 中转义：C:\\Users\\Ento\\Documents\\GCMS\\test_cataglyphis_iberica\\queens\\CI23_Q_120828_01.CD‌F 请让我知道这是否有效！