R 扩展：在包中调用外部脚本答案

【问题标题】：R extensions: calling an external script within a packageR 扩展：在包中调用外部脚本
【发布时间】：2016-05-11 00:17:33
【问题描述】：

我正在编写一个 R 包，其中定义了一个函数，该函数实际上是 PHP 脚本的包装器。让我们假设 PHP 脚本提供了一些在 R 中很难重新创建的功能，并且我的推理（在 R 中包装 PHP 脚本）是有道理的。

我目前将 PHP 脚本保存在一个单独的文件中，并通过系统调用运行它。

我的 R 函数/包装器如下所示：

wrapper <- function() {

  # I'm not entirely sure what the path to the PHP file should be
  php_file_name <- "magic_in.php"
  php_script_argument <- "hello, world"

  system_call <- sprintf('php -f "%s"', php_file_name, php_script_argument)
  system(system_call)

}

而magic_in.php 文件如下：

<?php

    print($argv[1]."\n")

?>

但是这个解决方案很糟糕——只有当我的当前工作目录中有 PHP 脚本时，系统调用才有效。

我将包装器保存在 ~/simple_package/R/wrapper.R 文件中，但我不确定 PHP 脚本的存储位置。

我是否应该将 PHP 文件保存在 ~/simple_package/src 目录中，然后使用一些专用的 R 函数（例如 C 可执行文件的 .Call）调用它？

【问题讨论】：

确实这样更合适。
似乎scripts 目录（文件夹？）在 Windows 中不是持久的。但是exec（正如 hute37 在他的回答中所建议的那样）目录/文件夹是持久的。
我测试过，似乎不是，不是所有的二级目录都是持久的，即使它们不是空的。

标签： php r

【解决方案1】：

有很多方法可以做到这一点。您可以将函数硬编码到脚本中，将其写入文件，通过带有参数的函数wrapper 运行它（创建文件时路径是隐含的），然后进行清理。

更好的方法可能是将脚本放入/data 并通过?system.file 调用它。

【讨论】：

成功了！与我最初尝试的src 目录不同，data 目录是“持久的”（复制到包的安装目录中）。

【解决方案2】：

/data 可能不是打包脚本的最佳选择，/exec 可能是更好的选择。

见：

Is there any special functionality in R package “exec” or “tools” directories?

您也可以考虑使用system2:

对于某些语言（Python），CRAN 中有一些特殊的支持

rPython: Package Allowing R to Call Python

一个例子（使用system和system.file）：

http://r.789695.n4.nabble.com/exec-subdirectory-of-a-package-td924560.html

它由 external R 脚本命令行执行：

#!/bin/env Rscript

args <- commandArgs(TRUE)
if( length(args) < 2 ){
    stop( "usage : R CMD execute package script [parameters]\n" )
}
package <- args[1]
script <- args[2]
scriptfile <- file.path( system.file( "exec", script, package = package ) ) # <= path
if( !file.exists( scriptfile ) ){
    stop( sprintf( "file not found: '%s' ", scriptfile  ) )
}

trail <- if( length(args) > 2 ) paste( tail( args, -2 ), sep = " " ) else ""
cmd <- sprintf( '"%s" %s', scriptfile, trail )

system( cmd ) # <= or system2 ...

【讨论】：