如何使用 pickle 从 MDAnalysis 模块中转储 Universe 对象？答案

【问题标题】：How to use pickle to dump a universe object from MDAnalysis module?如何使用 pickle 从 MDAnalysis 模块中转储 Universe 对象？
【发布时间】：2014-05-05 04:10:48
【问题描述】：

我尝试使用 pickle 转储 MDAnalysis.universe 对象，但我收到了类似的错误消息

Traceback (most recent call last):
  File "convert.py", line 9, in <module>
    blob = pickle.dumps(u)
  File "/usr/lib/python2.7/pickle.py", line 1374, in dumps
    Pickler(file, protocol).dump(obj)
  File "/usr/lib/python2.7/pickle.py", line 224, in dump
    self.save(obj)
  File "/usr/lib/python2.7/pickle.py", line 331, in save
    self.save_reduce(obj=obj, *rv)
  File "/usr/lib/python2.7/pickle.py", line 419, in save_reduce
    save(state)
  File "/usr/lib/python2.7/pickle.py", line 286, in save
    f(self, obj) # Call unbound method with explicit self
  File "/usr/lib/python2.7/pickle.py", line 649, in save_dict
    self._batch_setitems(obj.iteritems())
  File "/usr/lib/python2.7/pickle.py", line 663, in _batch_setitems
    save(v)
  File "/usr/lib/python2.7/pickle.py", line 306, in save
    rv = reduce(self.proto)
  File "/usr/lib/python2.7/copy_reg.py", line 84, in _reduce_ex
    dict = getstate()
TypeError: 'AtomGroup' object is not callable

任何建议将不胜感激！

【问题讨论】：

标签： python object serialization pickle mdanalysis

【解决方案1】：

更新答案（对于 MDAnalysis ≥ 2.0）

自MDAnalysis 2.0.0（2021 年 8 月）起，宇宙可以腌制了。

import MDAnalysis as mda
import pickle
u = mda.Universe(topology, trajectory)
pickle.dump(u, open("universe.pkl", "wb"))

# load pickled universe
u_pickled = pickle.load(open("universe.pkl", "rb"))

# test that we get same positions
(u_pickled.atoms.positions == u.atoms.positions).all()
# -> True

# but that universes are different
u == u_pickled
# -> False

另请参阅用户指南中的Parallelizing Analysis。

旧答案

MDAnalysis.Universe 对象包含一些无法通过标准机制进行序列化和腌制的对象，例如打开文件描述符。需要编写专门的 __getstate__() 和 __setstate__() 方法，如 Pickle protocol 中所述，但在当前的 0.8.1（2014 年 4 月）版本中都没有实现。

Manel 在他的comment on MDAnalysis Issue 173 中解释了具体错误：Pickle 搜索__getstate__() 方法。尽管没有实现，Universe 管理自己的属性以动态生成“虚拟属性”，将其解释为原子选择并最终返回一个空的 AtomGroup 实例。反过来，调用它是因为 pickle 认为它是 __getstate__ 的本地实现。但是，AtomGroup 是不可调用的，并且会导致错误。

您可能已经注意到，通过在 MDAnalysis user list 上提问或提交问题可以得到更快的回复 - Stackoverflow 通常在回答此类特定问题的开发人员列表中排名靠后。

【讨论】：