我有一张 T1 图像 (NIFTI)，已对齐，尺寸为 121 x 145 x 121。
图像由 nibabel 加载。体素大小为 1.5 x 1.5 x 1.5 毫米。
我想将其下采样为分辨率为 2.0 x 2.0 x 2.0 mm 的图像并保持图像对齐。
我对 MRI 图像处理知之甚少。 我找不到清晰的教程。
我该怎么做？ 如果你知道任何其他 Python 库可以做到这一点，它也可以工作。
【问题讨论】：
标签： python image-processing neuroscience nipype nibabel
我建议使用 Nibabel。它可以在几行内对您的 nifti 文件进行下采样。 将图像重新采样到体素大小为 2x2x2 的示例：
import nibabel
import nibabel.processing
input_path = r'/input/path/input_img.nii.gz'
output_path = r'/output/path/output_img.nii.gz'
voxel_size = [2, 2, 2]
input_img = nibabel.load(input_path)
resampled_img = nibabel.processing.resample_to_output(input_img, voxel_size)
nibabel.save(resampled_img, output_path)
只需更新 input_path 和 output_path 以反映您的文件。 resample_to_output 函数中的第二个参数 (voxel_size) 需要与输入的维度匹配或为单个值，然后 nibabel 将假定您希望所有维度的体素大小相同。
尼巴贝尔信息：
文档：http://nipy.org/nibabel/。
安装说明：https://anaconda.org/conda-forge/nibabel
【讨论】：