无法使用 scipy 读取 MAT 文件答案

【问题标题】：Unable to read MAT file with scipy无法使用 scipy 读取 MAT 文件
【发布时间】：2017-07-25 05:44:50
【问题描述】：

我正在尝试使用 scipy 读取 matlab 文件

import scipy.io as sio

data = sio.loadmat(filepath)

但我得到了错误

ValueError: Did not fully consume compressed contents of an miCOMPRESSED element. This can indicate that the .mat file is corrupted.

在 Matlab 中我可以毫无问题地打开这个文件。我也尝试再次保存它，但没有任何改变...... 你能帮帮我吗？

这里：https://drive.google.com/drive/folders/0B3vXKJ_zYaCJanZfOUVIcGJyR0E 您可以找到以相同方式保存的2个文件..

我可以打开 part_000，但不能打开 part_001.... 为什么？ :(

【问题讨论】：

你使用的是什么matlab文件格式版本？尝试不同的、更早的。
是一个普通的mat文件，使用matlab命令保存：save(filename)
在 550 个文件中我不能只打开一个文件....它们被一起保存在一个循环中
所以它适用于许多文件，只是不是这个？如果不访问问题文件，很难提供帮助。
您可以从这里下载数据：drive.google.com/drive/folders/…

标签： python matlab scipy

【解决方案1】：

问题在于scipy.io.loadmat 的verify_compressed_data_integrity 关键字参数，默认为True。它试图对标头进行一些错误检查，但即使数据提取得很好，也会引发错误。见this related GitHub issue。我不确定全职关闭此功能的影响，但如果您使用以下内容，它应该同时解决您的问题（我无法根据您的数据检查它，它不再在提供的 URL 上可用） .

import scipy.io as sio

data = sio.loadmat(filepath, verify_compressed_data_integrity=False)

【讨论】：

【解决方案2】：

有时 mat 文件会损坏，因此 Matlab 无法识别数据类型并且无法加载它。所以在保存mat文件的同时。尝试通过设置 long_field_names=True 来保存 mat 文件

scipy.io.savemat(filename,long_field_names=True)

【讨论】：

【解决方案3】：

我可以用 Octave 加载这两个文件，然后重写导致问题的文件

>> data1 = load('part_0001.mat');
>> save -v7 part_0002.mat -struct data1

在 Python 中，重写的文件可以正常加载，就像您的 0000.mat 文件一样。

In [8]: data2=loadmat('part_0002.mat')
In [10]: data2.keys()
Out[10]: dict_keys(['RealTime', 'AccNorm', 'Alt', 'FsP', 'DeviceTime', 'FsA', 'Acc', 'imatemp', 'Time', '__version__', '__globals__', '__header__'])

重写后的文件实际上要小一些。 V6 文件大小为 13M，也可加载。

>> save -v6 part_0003.mat -struct data1

所以loadmat's 处理 V7 格式时一定有一些小故障。

【讨论】：

【解决方案4】：

问题似乎是由压缩引起的。 .mat 文件从版本 7 开始自动压缩。

因此，我建议尝试将文件保存在较早的、未压缩的.mat 文件版本 6 中：

save(filename, 'data', '-v6');

【讨论】：

这只是救了我 - 很棒的建议
我从我加载然后用 -v6 保存的 mat 文件中收到与 OP 相同的错误消息，并且在检查它的第一个字节时，它声称是 MATLAB 5.0 格式，即版本 6 mat 文件。