来自另一个 Rmd 中的 Rmd 文件的源代码

Question

我正在尝试使我的代码更加模块化：在一个脚本中加载和清理数据，在另一个脚本中进行分析等。如果我使用的是 R 脚本，这将是一个简单的问题，即在 data_setup.R 上调用 source在analysis.R 内部，但我想在 Rmarkdown 文档中记录我为数据设置和分析所做的决定。所以我正在尝试编写某种source_rmd 函数，它允许我将代码从data_setup.Rmd 获取到analysis.Rmd。

到目前为止我已经尝试过：

如果有任何重复的块名称，How to source R Markdown file like `source('myfile.r')`? 的答案将不起作用（这是一个问题，因为名为 setup 的块在 Rstudio 的笔记本处理中具有特殊行为）。 How to combine two RMarkdown (.Rmd) files into a single output? 想要合并整个文档，而不仅仅是一个代码，还需要唯一的块名称。我已经尝试按照Generate Dynamic R Markdown Blocks 中的建议使用knit_expand，但是我必须用双花括号中的变量命名块，而且我真的很想有一种方法让我的合作者也能轻松使用它。并且按照How to nest knit calls to fix duplicate chunk label errors? 中的建议使用knit_child 仍然会给我重复标签错误。

Answer 1

经过进一步搜索，我找到了解决方案。 knitr 中有一个包选项可以设置为更改处理重复块的行为，在其标签后附加一个数字，而不是因错误而失败。见https://github.com/yihui/knitr/issues/957。

要设置此选项，请使用options(knitr.duplicate.label = 'allow')。

为了完整起见，我写的函数的完整代码是

source_rmd <- function(file, local = FALSE, ...){
  options(knitr.duplicate.label = 'allow')

  tempR <- tempfile(tmpdir = ".", fileext = ".R")
  on.exit(unlink(tempR))
  knitr::purl(file, output=tempR, quiet = TRUE)

  envir <- globalenv()
  source(tempR, local = envir, ...)
}