R中的read.xlsx有问题答案

【问题标题】：Trouble with read.xlsx in RR中的read.xlsx有问题
【发布时间】：2020-11-23 19:17:02
【问题描述】：

我目前正在尝试使用 R 将（大，8.3 MB）.xlsx 文件读入矩阵。我正在尝试使用 xlsx 包中的 read.xlsx 文件来执行此操作。 https://cran.r-project.org/web/packages/xlsx/index.html

我现在正尝试使用以下命令读取文件中一张工作表的内容：

sheetname<-read.xlsx("/Users/jinkinsonsmith/Downloads/Re _Introduction/filename.xlsx",sheetName='sheetname')

看起来这个命令应该可以将 xlsx 文件“文件名”中的工作表“工作表名”的内容读入向量“工作表名”。但是，相反，我收到此错误消息：

.jcall("RJavaTools", "Ljava/lang/Object;", "invokeMethod", cl, : java.lang.OutOfMemoryError: Java 堆空间

似乎我不是第一个收到此错误消息的人（例如：How to deal with "java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space" error?），但即使在阅读了我刚刚链接的另一篇文章之后，我仍然不清楚我应该如何解决这个问题错误。我的 MacBook Pro 长期以来一直存在磁盘空间不足并要求我删除一堆文件的问题，因此这可能是罪魁祸首，但显然我也有可能在 R 中存储了太多对对象的引用，而我没有使用时间更长，占用太多空间。在后一种情况下，我不知道如何删除任何不需要的引用。

【问题讨论】：

您可以在64bits模式下更改为R。
您是否尝试过其他任何用于读取 XL 文件的软件包？也许是 excel.link、readexcel、readxlsb、XLCONNECT。 Javaheapspace 是 RAM，而不是磁盘。还可以考虑读取指定数量的行并为下一组行重复调用，等等。
尝试openxlsx 包中的read_xlsx。它不像包xlsx那样依赖java。
@PaulvanOppen 我假设您的意思是“read.xlsx”，而不是“read_xlsx”，它似乎是“readxl”包而不是“openxlsx”包的一部分。好消息：read.xlsx 成功了！
是的，你是对的：read.xlsx

标签： r xlsx

【解决方案1】：

通过在加载任何其他包之前使用以下代码行，我可以解决类似的问题。我已经描述过here。

options(java.parameters = c("-XX:+UseConcMarkSweepGC", "-Xmx8192m"))
library(xlsx)

请添加此行并重新启动，因为其他包可以自己加载一些 java 的东西，并且必须设置选项在加载任何 Java 之前。

一般来说，这些选项会更改垃圾收集的类型，这有时会导致默认设置出现问题，并且还会将内存增加到 8GB。

【讨论】：