线程“主”java.lang.OutOfMemoryError 中的异常：超出 GC 开销限制

Question

我无法运行我的进程。它给出了以下异常：“线程“main”中的异常 java.lang.OutOfMemoryError：Java 堆空间”

java -Xms32m -Xmx516m FilteringSNP_genus 线程“主”java.lang.OutOfMemoryError 中的异常：Java 堆空间 在 java.util.Arrays.copyOf(Arrays.java:2882) 在 java.lang.AbstractStringBuilder.expandCapacity(AbstractStringBuilder.java:100) 在 java.lang.AbstractStringBuilder.append(AbstractStringBuilder.java:515) 在 java.lang.StringBuffer.append(StringBuffer.java:306) 在 java.io.BufferedReader.readLine(BufferedReader.java:345) 在 java.io.BufferedReader.readLine(BufferedReader.java:362) 在 FilteringSNP_genus.main(FilteringSNP_genus.java:65)

我尝试了不同的内存使用配置，例如：

java -Xms32m -Xmx1024m FilteringSNP_genus

但它没有起作用，并且增加 -XmxVALUE 已经给出了 GC 开销限制超出异常：

线程“主”java.lang.OutOfMemoryError 中的异常：超出 GC 开销限制 在 java.lang.String.substring(String.java:1940) 在 java.util.StringTokenizer.nextToken(StringTokenizer.java:335) 在 FilteringSNP_genus.main(FilteringSNP_genus.java:77)

谁能提供一些线索来解决这个问题？

谢谢

Answer 1

我发现如果找到内存的时间太长，GC 会放弃，即使内存确实在那里。最简单的问题是内存大部分是虚拟的，这比真实内存慢得多。此外，如果内存过于碎片化，GC 可能需要一些时间才能找到所需的空间。如果你要分配大块内存，那会使情况变得更糟。像这样的问题可能是间歇性的，当 GC 有时间清理房屋并保持一切井井有条时工作正常，当它过载时会失败。我的猜测是，在您的情况下，您要么有分页问题，​​要么您在太大的块中使用了过多的可用内存。

解决方案：获取更多实际内存（如果分页是问题）。使用更少的内存。使用较小的内存。数组是处理数字的最快方法，但带有指针的数据结构使 GC 的工作更轻松。如果你能找到一种方法来使用更小的数组（或不使用数组），那就去做吧。

应该有可能获得具有 8GB 或更多内存的适当 64 位系统（计算机和 JVM），这样您就可以忽略并忘记这个问题，但我还没有听说有人这样做。 （并且内存使用扩展以填充可用内存......）

Answer 2

我冒昧地猜测您正在从文件或套接字读取并使用readLine() 为方便起见而不考虑其含义。请改用reading into a char[] buffer。

或者，您正在读取行并将对它们的硬引用存储在内存中，因此一旦您阅读足够，您显然会用完空间。

至于GC开销错误，根据Oracle JVM article： “如果在垃圾收集上花费了太多时间，并行收集器将抛出 OutOfMemoryError：如果超过 98% 的总时间用于垃圾收集并且回收的堆少于 2%，则会抛出 OutOfMemoryError。 "