【问题标题】:OpenMPI: Host key verification failed on SGE clusterOpenMPI:SGE 集群上的主机密钥验证失败
【发布时间】:2019-06-25 10:49:36
【问题描述】:

我最近在我的 SGE 集群上安装了 OpenMPI 2.0 版。但是当我提交工作时,我得到“Host ket 验证失败”。即使我能够在没有来自提交主机的密码的情况下登录到该节点(compute10)。

输出文件中的错误:

警告:无法访问 tty(错误的文件描述符)。因此没有工作控制 在这个壳里。 2019 年 1 月 30 日星期三 15:58:53 EST 主机密钥验证 失败的。 [文件 orca_main/gtoint.cpp,第 137 行]:ORCA 因错误完成 在 ORCA_GTOInt 中终止

我的 SGE 脚本如下:

!/bin/tcsh

$ -q sge-queue@compute10

$ -pe mpi 8

$-V

$ -cwd

$ -j y

$ -l h_vmem=64G

日期

setenv OMP_NUM_THREADS 8

/home/user/orca_4_0_1_2_linux_x86-64_openmpi202/orca ccl3.inp > ccl3.out

日期

还有我的并行环境mpi

pe_name mpi

插槽 999

user_lists 无

xuser_lists 无

start_proc_args /export/sge6.2_U7/mpi/startmpi.sh -catch_rsh $pe_hostfile

stop_proc_args /export/sge6.2_U7/mpi/stopmpi.sh

allocation_rule $pe_slots

control_slaves 为真

job_is_first_task 假

urgency_slots min

accounting_summary 是的

【问题讨论】:

  • 您必须能够在节点之间进行无密码 SSH,而不仅仅是从提交节点到计算节点
  • 我能够在节点之间进行无密码 SSH。但我仍然收到“主机密钥验证失败错误”。
  • `[文件 orca_main/gtoint.cpp,第 137 行]` 中有什么?似乎错误消息确实来自应用程序,而不是来自mpirun

标签: openmpi hpc


【解决方案1】:

在尝试了各种方法后,将 OpenMPI 更新到 3.1.0 版本并使用以下选项进行构建解决了该问题。

./configure --prefix=/usr/local --with-sge --enable-orterun-prefix-by-default

【讨论】:

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