使用 data.frame 优化 R 代码答案

【问题标题】：R code optimization with a data.frame使用 data.frame 优化 R 代码
【发布时间】：2014-05-24 08:16:40
【问题描述】：

我有一个包含 10570 个元素的大型 SpatialPointDataFrame，其中每一行都是一个具有关联日期的点（某些行具有相同的日期）。该对象有 4760 列（它是 RasterStack 和点之间的 extract() 函数的输出），每列对应一个日期和相关值（温度）。

简化示例：

DATE2       BICHO   X2000.01.01   X2000.01.02   (...)   X2012.12.31
2009-04-08  Woody      20.7          19.2        ...         9.5
2009-04-09  Woody      20.7          19.2        ...         9.5
2009-04-10  Woody      20.7          19.2        ...         9.5
2004-11-30  Woody      20.7          19.2        ...         9.5
2004-12-01  Buzz       20.7          19.2        ...         9.5
2004-12-02  Buzz       20.7          19.2        ...         9.5

我想做的是在这个 data.frame 中创建一个新列 (TP)，其中包含每个相应日期的温度。

for(i in 11:4760){
  datas<-str_sub(colnames(pts@data[i]), start=2,end=11L)
  datas<-format(as.Date(datas, "%Y.%m.%d"),"%Y-%m-%d")
  for(j in seq_along(pts@data$TP)){
    print(c(i,j))   #just a print to see how fast is the code
    if(as.character(factor(pts$DATE2[j]))==datas){
      pts@data[j,]$TP<-pts@data[j,][i]
    }
  }
}

代码可以运行，但是速度很慢，谁能帮我优化一下？

【问题讨论】：

第 1 列 ["DATE2"] 中有日期，每列 ["X2000.01.01"] 中有日期。 “对应日期”是指哪一个？
对应的日期是DATE2。我的目标是（在列中）找到与行日期对应的值。
不清楚。您是否尝试将列名称日期与 DATE2 列中的日期值匹配？我还要指出，由于您的列显然是按天排列的，因此您不需要转换其中的任何一个。只需获取列号并使用一些日期/时间函数将该值作为“天”添加到您的基准日期。
是的，我想将 DATE2 列与相应列命名日期的值相匹配。但我不明白我将如何实现它。

标签： r optimization stack raster

【解决方案1】：

列中没有与 DATE2 日期匹配的日期，但我希望这对您有用：

library(data.table)
library(lubridate)
df = data.table(df) 
dfm = data.table:::melt.data.table(df,
                               id.var = c("DATE2","BICHO"), 
                               variable.name = "date", 
                               value.name = "TP")
dfm[,date := gsub("X","",date)]
dfm[,date := ymd(date)]
dfm[,DATE2 := ymd(DATE2)]
dfm[DATE2 == date,]

【讨论】：

您的代码给了我一个包含 4 列的表格：DATE2、BICHO、日期和 tp。 date 是用 NA 填充的列，tp 是用 TIME2、LAT2、LONG2、NAME_0 和 NAME_1 的 df 值填充的列。
我无法重现您的错误。您是否安装了 lubridate 和 data.table 库？如果您提供有日期 - DATE2 匹配的数据样本，将会很有帮助。