R包：“错误：加载命名空间时找不到对象'计算'..”

Question

我的目录结构如下：

c:/Users/bob/MyPackageName
c:/Users/bob/MyPackageName/R
c:/Users/bob/MyPackageName/tests
c:/Users/bob/MyPackageName/tests/testthat

我的开发会话通常包括在包根目录 (c:/Users/bob/MyPackageName) 中启动一个 R 会话，然后运行

devtools::load_all()
devtools::test()

然后在MyPackageName/tests/testthat/mytest.R 和MyPackageName/R/mycode.R 中交替添加小位。

开始会话时返回

Loading MyPackageName
Error: object 'compute' not found whilst loading namespace 'MyPackageName'

我试试：

1. 调用explicit devtools::load_all("c:/Users/bob/MyPackageName")
2. 正在搜索compute 的错误实例（需要包、函数名、任何内容......）。但一切都很好。
3. Clearing 一些缓存，rm(list=ls())。
4. 从c:/Users/bob/MyPackageName/tests/testthat 中的会话和c:/Users/bob/MyPackageName/tests/testthat 中的另一个会话调用本地化的devtools::load_all()。
5. 通过devtools::document() 重新生成文档，以免其中的某些损坏出现问题。
6. 删除MyPackageName/.RData和MyPackageName/.Rhistory。

但什么都没有。我仍然得到Error: object 'compute' not found whilst loading namespace 'MyPackageName'

我还能尝试什么？比如什么是pre-Devtools的“全部加载”的方法？什么是“对象‘计算’”？

当我在包目录之外启动一个 R 会话时，一切都很好。因此我的 R 设置很好；这个问题是在编写 R 包的上下文中。

Answer 1

这可能是一种解决方法。也许你可以试一试。

我在重建包时遇到了类似的错误Error: object 'compute' not found whilst ...（R 版本 3.5.0，roxygen2 版本 3.5.0）。

我最终手动删除了NAMESPACE 中的第一行S3method(compute,...) 以重建包。

Answer 2

如果不查看函数名称就很难判断，但这可能是一个问题，因为 ROxygen >3 现在对 S3 对象和函数都使用 @export。因此，如果您有使用点的功能，例如compute.something.cool() 而你使用 ROxygen 的 #' @export，可能会推断它是一个 S3 对象而不是一个函数。

这在here 中有更详细的描述，但简而言之，使用导出调用明确命名您的函数：

#' @export compute.something.cool

这种方法意味着您仍然可以使用devtools::document() 来更新您的 NAMESPACE，而无需手动执行此操作。请注意，Bioconductor 不允许包使用点命名约定，可能正是出于这个原因，因此将来可能值得避免这样做。