在 Linux 中替代 R 的`memory.size()`？答案

【问题标题】：Alternative to R's `memory.size()` in linux?在 Linux 中替代 R 的`memory.size()`？
【发布时间】：2016-07-04 22:38:48
【问题描述】：

R 的memory.size() 仅适用于 Windows。对于其他功能（例如windows()），帮助页面提供指向非 Windows 对应功能的指针。

但是对于memory.size()，我找不到这样的指针。

所以这是我的问题：在 linux 中是否有与memory.size() 相同的功能？

【问题讨论】：

【解决方案1】：

我认为这应该由操作系统来处理。我所知道的没有内置限制；如有必要，R 将使用它可以获得的所有内存。

要获取有关 linux 中的总内存和/或可用内存的信息，您可以尝试

system('grep MemTotal /proc/meminfo')

或

system('free -m')

或

system('lshw -class memory')

最后一个命令会抱怨你应该以超级用户身份运行它，它会警告输出可能不准确；但根据我的经验，它仍然会提供相当有用的输出。

要获取有关正在运行的 R 脚本的内存使用情况的信息，可以通过在单独的终端中启动 top 来监视当前使用的资源，或者使用例如 R 脚本中的以下系统调用：

system(paste0("cat /proc/",Sys.getpid(),"/status | grep VmSize"))

希望这会有所帮助。

【讨论】：

谢谢！但我的印象是memory.size() 给出了 R proc 的内存占用，并且你给出的命令给出了分配给 R 的内存限制（更类似于 R/windows`memory.limit() 命令）
@user189035 好像有误会。除了总可用内存外，没有为 R 进程分配内存限制。我编辑了答案以包括显示正在运行的 R 进程使用的内存的可能性。希望这会有所帮助。
memory.limit() 命令将机器内存的总大小提供给 R 脚本。涉及 system() 的命令不向 R 脚本提供任何内容，它们只是在终端上打印内容。对于控制 R 脚本完全没用。
@Argent memory.limit() 是特定于 Windows 的。 OP专门询问了Linux。正如我在答案中所写，系统调用可以帮助“获取信息”，而不是向 R 脚本提供任何东西。请在投票前仔细阅读。

【解决方案2】：

使用 pryr 库：

library("pryr")

mem_used()
# 27.9 MB

x <- mem_used()
x
# 27.9 MB
class(x)
# [1] "bytes"

结果与@RHertel 的答案相同，使用 pryr 我们可以将结果分配给变量。

system('grep MemTotal /proc/meminfo')
# MemTotal:       263844272 kB

要通过系统调用分配给变量，请使用intern = TRUE：

x <- system('grep MemTotal /proc/meminfo', intern = TRUE)
x
# [1] "MemTotal:       263844272 kB"
class(x)
# [1] "character"

【讨论】：

【解决方案3】：

是的，memory.size() 和 memory.limit() 在 linux/unix 中不起作用。我可以推荐 unix 包。

增加linux的内存限制：

install.packages("unix") 
library(unix)
rlimit_as(1e12)  #increases to ~12GB

你也可以用这个来检查内存：

rlimit_all()

您还可以在此处找到更多信息： limiting memory usage in R under linux

【讨论】：