【发布时间】:2018-06-18 08:02:22
【问题描述】:
我正在尝试使用 glob 模块读取 2 个目录中的所有 csv 文件:
import os
import pandas as pd
import glob
def get_list_of_group_df(filepath):
all_group_df_list = []
groups_path = filepath
for file in glob.glob(groups_path):
name = os.path.basename(file)
name = patient_name.partition('_raw')[0]
with open(file, 'r') as name_vcf:
group_vcf_to_df = pd.read_csv(name_vcf, delimiter='\t',
header=0, index_col=False, low_memory=False,
usecols=['A', 'B', 'C', 'D'])
group_df_wo_duplicates = group_vcf_to_df.drop_duplicates()
group_df = group_df_wo_duplicates.reset_index(drop=True)
group_df['group_name'] = name
all_group_df_list.append(group_df)
return all_group_df_list
def get_freq():
group_filepath_dict =
{'1_group':"/home/Raw_group/*.tsv",
'2_group':"/home/Raw_group/*.tsv"}
for group, filepath in group_filepath_dict.items():
print(get_list_of_group_df(filepath))
get_freq()
当我在本地运行这个脚本时,它工作得很好。但是,在 UBUNTU 服务器上运行它会给我以下错误消息:
Error in `python3': free(): invalid pointer: 0x00007fcc970d76be ***
Aborted (core dumped)
我使用的是 python 3.6.3 版本。谁能告诉我如何解决这个问题?
【问题讨论】:
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有没有说在哪一行?
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很遗憾没有
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嗯 ... 对我来说似乎更像是一个普遍的问题。与 Python 安装或执行脚本或访问文件的权限一样。
标签: python-3.x dataframe error-handling glob