用于可视化 100k 顶点和 1M 边的 Python 工具？ [关闭]答案

【问题标题】：Python tools to visualize 100k Vertices and 1M Edges? [closed]用于可视化 100k 顶点和 1M 边的 Python 工具？ [关闭]
【发布时间】：2011-08-04 14:55:03
【问题描述】：

我希望将数据可视化，希望使其具有交互性。现在我正在使用 NetworkX 和 Matplotlib，当我尝试“绘制”图形时，它会最大化我的 8gb。我不知道有哪些选项和技术可用于处理如此庞大的数据集群**。如果有人能指出我正确的方向，那就太好了。如果可以使用的话，我还有一个启用了 CUDA 的 GFX 卡。

现在我正在考虑只绘制连接最多的节点，比如边缘最多的前 5% 的顶点，然后在用户缩放或点击时填充连接较少的节点。

【问题讨论】：

标签： python graph wxpython visualization

【解决方案1】：

你试过Gephi吗？

我相信它的扩展性很好。

【讨论】：

【解决方案2】：

您是否考虑过使用ParaView 或VisIt？这是两个交互式绘图程序，旨在处理和绘制（非常！）大型数据集。它们都具有 Python 脚本接口，因此您可以在 Python 解释器中自动化/控制您的可视化。

【讨论】：

【解决方案3】：

也许是PyOpenGL？可以和wxPython一起使用。

编辑：刚试了一下性能，没有做任何优化，画100k个顶点需要0.2s，画1M个边需要4s。

【讨论】：

【解决方案4】：

你考虑过graphviz吗？尽管它从一开始就被设计为处理非常大的图形（尽管 1M 边可能超出了它的能力），但它不是交互式的。

有一个 python 模块 (pydot) 可以让与 graphviz 的交互变得简单。同样，不能肯定地说它会扩展到您的水平。但是，应该很容易发现：两者的安装都很简单。

hth.

【讨论】：

Dot 很好，但我很确定这超出了它的能力。幸运的是，现在有更好的开源解决方案，比如 tulip（还有其他）。
是的，郁金香对我来说是新的——看起来很有趣。祝你好运。

【解决方案5】：

您应该在 wxPython 官方邮件列表中询问。那里有人可能会帮助你。我很惊讶 matplotlib 无法做到这一点。它可能只需要您以某种方式重组代码。目前，在 wxPython 中绘制的主要方法是通过各种 DC、FloatCanvas 小部件之一或用于绘图的 wx.Plot 或 matplotlib。

【讨论】：

【解决方案6】：

我对此没有任何经验，但 tulip 似乎就是为此而生的。

【讨论】：

该链接对我无效。
现在可以了。可能服务器暂时停机了。
我的朋友告诉我，郁金香虽然非常适合这种工作，但学习曲线却很陡峭。他建议Cytoscape，但现在我在看web app friendly solutions。
我不认为任何浏览器都足够快来处理这种负载，但你可以试试:)