从 Jython 脚本调用 Java（ImageJ 插件 BoneJ）

Question

**抱歉，我对 python 和 java 都很陌生，所以我可能不知道这个问题已经得到解答，只需要根据我的情况进行调整。

基本上我有一个在 python 环境中运行的脚本管理器，我需要将数据传递给 bonej 插件进行分析，然后它应该返回一个数组，然后另一个 python 脚本将使用该数组进行进一步分析。

我已被引导到 jython 作为执行此操作的一种方式，但我无法弄清楚如何将 imageJ 当作一个模块导入。

我知道我可以简单地从命令行打开 imagej 并指示它分析图像，但这不是我需要的，因为它只是返回一段骨骼的平均值。

基本上我需要告诉 imagej 它应该分析这一段骨头，返回数组，然后是下一段骨头。一个额外的 python 脚本将数组插入到预定义的背景网格上。

如果有人对如何从 jython 实现这一目标有所了解，我将不胜感激。

Answer 1

您确实可以使用 Jython 来调用 ImageJ。请参阅 Fiji wiki 上的 Jython scripting 页面以获取概述和大量示例代码。从 ImageJ 开始的一种简单方法是使用 Script Editor。然后，您可以使用 ImageJ 启动器 [instructions] 从命令行调用 Jython 脚本。或者您可以通过adding the needed Java libraries to the classpath 的可执行文件jython 运行它们。

但请注意：这个does not provide total integration between Python libraries and Java ones。问题是许多 Python 库都由 C 代码支持，使得它们只能从 CPython 访问，而不能从 Jython 访问。例如，非常流行的 SciPy 和 NumPy 库不能直接从 Jython 代码中调用。