Rmarkdown - pdf输出 - 停止打印迭代答案

【问题标题】：Rmarkdown - pdf output - stop iterations from printingRmarkdown - pdf输出 - 停止打印迭代
【发布时间】：2020-10-24 01:48:45
【问题描述】：

我正在尝试生成 Rmarkdown pdf 输出。

函数 RankAggreg()（来自 RankAggreg 包）在分析期间运行多次迭代，这些迭代也打印在我的 pdf 输出中。

有人知道如何在我的 pdf 输出中停止打印迭代吗？我尝试使用所有可能的结果变化 = "hide"、echo、include 但没有任何帮助。

---
title: "<center> Example <center>"
output:
  pdf_document:
    fig_caption: yes
    toc: yes
    toc_depth: 3
    number_sections: true
    latex_engine: xelatex
  fontsize: 10pt
  
header-includes:
- \pagenumbering{gobble}
---

library(rmarkdown)
library(tinytex)
library(knitr)
knitr::opts_chunk$set(echo=TRUE, warning=FALSE, message=FALSE, cache = TRUE)

library(RankAggreg)

data(geneLists)

RA_results_seedlings <- RankAggreg(
  geneLists, 10, method = c("CE"), distance = c("Spearman"), 
  seed = 100, rho = 0.1, standardizeWeights = TRUE)

【问题讨论】：

标签： r pdf printing iteration r-markdown

【解决方案1】：

当您直接在特定块中设置results = "hide" 时，文本输出被隐藏，PDF 中仅显示绘图：

---
title: "Untitled"
output: pdf_document
---

```{r, results = "hide"}
library(RankAggreg)

data(geneLists)

RA_results_seedlings <- RankAggreg(
  geneLists, 10, method = c("CE"), distance = c("Spearman"), 
  seed = 100, rho = 0.1, standardizeWeights = TRUE)
```

（使用knitr::opts_chunk$set() 对我也不起作用。）

【讨论】：

【解决方案2】：

您应该在RankAggreg() 函数中添加verbose = FALSE

RA_results_seedlings <- RankAggreg(
geneLists, 10, method = c("CE"), distance = c("Spearman"), 
seed = 100, rho = 0.1, standardizeWeights = TRUE,
verbose = FALSE)

【讨论】：