【问题标题】:Avoid propagation of NA in matrix multiplication避免在矩阵乘法中传播 NA
【发布时间】:2017-02-15 07:48:16
【问题描述】:

我在矩阵乘法的上下文中传播缺失值有一些困难。 我的第一个矩阵X 是每小时测量 5 个流量计的气体流量:

X=structure(c(16, 19, 28, 32, 30, 22, 16, 13, 8, 6, 5, 3, 5, 5, 6, 13, 7, 10, 4, 2, 1, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 7, 8, 8, 7, 7, 6, 6, 5, 5, 4, 4, 4, -16, -17, -20, -31, -25, -25, -16, -12, -13, -15, -9, -7), .Dim = c(12L, 5L), .Dimnames = list(NULL, c("meter1", "meter2", "meter3", "meter4", "meter5")))
####      meter1 meter2 meter3 meter4 meter5
#### [1,]     16      5      0      7    -16
#### [2,]     19      5      0      8    -17
#### ...

我的第二个矩阵Z 表示这些气体流量如何分配给 4 个城市:例如(Z 的第一列),对于 city1,总净流量定义为 (1)*Meter1 + (-1)*Meter2 + (1)*Meter5 的总和。

Z=structure(c(1, -1, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0), .Dim = c(5L, 4L), .Dimnames = list(NULL, c("city1", "city2", "city3", "city4")))
####      city1 city2 city3 city4
#### [1,]     1     0     0     0
#### [2,]    -1     1     0     0
#### [3,]     0     1     0     0
#### [4,]     0     0     1     0
#### [5,]     1     0     0     0

所以要计算每个城市的净流量,我只需要做一个矩阵乘法:

X %*% Z
####      city1 city2 city3 city4
#### [1,]    -5     5     7     0
#### [2,]    -3     5     8     0
#### ...

我的问题是我的Xmatrix(这里是 9 NA)中有很多缺失值:

set.seed(3); for (i in 1:10) X[sample.int(nrow(X), 1), sample.int(ncol(X), 1)] <- NA

当我进行矩阵乘法时,NA 会传播到整行,即使它位于零值列上(这不会影响总和)。所以乘法后我得到 24 NA。但是,如果我只用非空的米数逐个城市计算,我只能得到 11 NA:

sum(is.na(cbind(X[, 1] - X[, 2] + X[, 5], X[, 2] + X[, 3], X[, 4], 0)))
#### [1] 11

我想知道是否有一种方法可以计算每个城市的流量,而不会大量传播我的NA。在现实中,我的矩阵要大得多,但一个城市的营养永远不会超过 4 米(它非常稀疏)。我想避免手动编码每一列(因为如果网络中有任何变化,脚本将不再起作用)。 谢谢,

【问题讨论】:

    标签: r matrix matrix-multiplication missing-data


    【解决方案1】:

    是的,我相信这就是您所需要的:

    library(Matrix)
    ZZ <- Matrix(Z, sparse = TRUE)
    X %*% ZZ
    
    #12 x 4 Matrix of class "dgeMatrix"
    #      city1 city2 city3 city4
    # [1,]    -5     5     7     0
    # [2,]    NA    NA    NA     0
    # [3,]    NA     6     8     0
    # [4,]   -12    13     7     0
    # [5,]    NA    NA     7     0
    # [6,]   -13    10     6     0
    # [7,]    -4    NA    NA     0
    # [8,]    -1     2    NA     0
    # [9,]    -6     1     5     0
    #[10,]   -11     2     4     0
    #[11,]    NA    NA     4     0
    #[12,]    -5     1     4     0
    

    如您所料,只有 11 个NA


    跟进

    当我尝试将结果转换为数据框时会引发错误:data.frame(X %*% ZZ)。我该怎么做?

    使用data.frame(as.matrix(X %*% ZZ))

    【讨论】:

    • 好的!它的伎俩,谢谢你让我开心!但只有一个问题:在我的原始代码中,当我尝试将结果转换回 data.frame 时会引发错误。我该怎么做?
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